如果不重新编写 Python/Perl 脚本，我将如何在 bash 脚本中将输出连接在一起？

Question

我有以下 Perl 脚本（尽管这适用于 Python 和其他脚本语言）：script1.pl、script2.pl、script3.pl

这些脚本的编写方式，用户使用输入标志执行它们，输出是保存的文件。

perl script1.pl --i input1.tsv   ## this outputs the file `outputs1`
perl script2.pl --i outputs1     ## this outputs the file `outputs2`
perl script3.pl --i outputs2     ## this outputs the file `final_output`

（对于 Python 爱好者，这是python script1.py）

现在，我想创建一个可执行的 bash 脚本，它允许用户简单地使用 input1 并获得输出作为返回 final_output。

这就是我只用一个 perl 脚本execute.sh 来做到这一点的方法：

#!/bin/sh

source ~/.bash_profile

FLAG1="--i=$1"

perl script1.pl $FLAG1

可以在命令行上运行execute.sh input1.tsv

对于我的三个脚本示例，我如何将中间输出通过管道传输到中间脚本以创建一个 execute.sh 脚本，例如outputs1 变成script2.pl，然后outputs2 变成scripts3.pl，等等？

有没有办法让我在不重写 perl/python 脚本的情况下做到这一点？

编辑：附加信息：问题是我实际上不知道输出是什么。文件名根据原始的 inputs1.tsv 更改。现在，我确实知道输出的文件扩展名。但是输出 1 和输出 2 具有相同的文件扩展名。

Answer 1

此类情况的最佳实践是让脚本从标准输入读取并写入标准输出。在这种情况下，很容易将它们连接在一起，如下所示：

perl script1.pl < input1.tsv | perl script2.pl | perl script3.pl

在您的情况下，您可以编写如下脚本：

#!/bin/sh
perl script1.pl --i input1.tsv
perl script2.pl --i outputs1 
perl script3.pl --i outputs2

这并不理想，但它会做你想做的事。它将读取 input1.tsv，并写入 output3。

Answer 2

您的问题不是这样说的，但假设您可以使用--o 标志指定输出文件：

perl script1.pl --i input1.tsv --o /dev/stdout | perl script2.pl --i /dev/stdin --o /dev/stdout | perl script3.pl --i /dev/stdin --o final_output

/dev/stdin 和 /dev/stdout 是神奇的 unix 文件，它们分别写入进程的 stdin 和 stdout。