使用 perl 模块 Parallel::ForkManager 时出错

Question

我在使用 perl 模块 Parallel::ForkManager 时收到以下错误消息，但我无法弄清楚我的代码有什么问题。

奇怪的是，程序在不同线程上发送的前 70 个 bam 文件运行良好，然后向我输出以下错误。

任何帮助将不胜感激。

非常感谢。 :)

以下是错误：

无法分叉：无法在 /usr/local/perl-5.24.0/lib/site_perl/5.24.0/Parallel/ForkManager.pm 第 52 行第 8260 行分配内存。

可存储模块无法将孩子的数据结构存储到临时文件“/tmp/1341650.1.longjob.q/dZnCgF1MiR/Parallel-ForkManager-28852-28855.txt”：无法创建/tmp/1341650.1。 longjob.q/dZnCgF1MiR/Parallel-ForkManager-28852-28855.txt：/usr/local/perl-5.24.0/lib/site_perl/5.24.0/Parallel/ForkManager.pm 第 84 行没有这样的文件或目录。

这是我的代码：

if ($threads == 1) {
    for my $id (0 .. $nbInputFiles) {
        $self->{$id}->{_currentFile} = $self->{inputFiles}[$id] ;
        $self->readBamInputFile($id) ;
        $self->correctMatrice($id) ;
        print STDERR "INFO $prog $datestring: $self->{$id}->{_currentFile} -> correcting matrice done !\n" ;
    }
}
else {
    my $pm = new Parallel::ForkManager($threads);
    $pm->set_waitpid_blocking_sleep(0);

    $pm->run_on_finish(sub {
        my ($pid, $exit, $id, $signal, $core, $data) = @_;

        $self->{$id}->{cov} = $data->{ret}->{$id}->{cov} ;
        $self->{$id}->{_currentSample} = $data->{ret}->{$id}->{_currentSample} ;
        $self->correctMatrice($id) ;
        print STDERR "INFO $prog $datestring: $data->{ret}->{$id}->{_currentFile} -> correcting matrice done !\n" ;

        $ret[$id] = delete $data->{ret};
        $err[$id] = delete $data->{err};
    });

    for my $id (0 .. $nbInputFiles) {
        $self->{$id}->{_currentFile} = $self->{inputFiles}[$id] ;
        $pm->start($id) and next;

        # here do the child
        # my $res = eval { $task[0]->($self) };
        my $res = eval { &readBamInputFile($self, $id) };
        $pm->finish(0, { ret => $self, err => $@ });
    }
    $pm->wait_all_children;
}

Answer 1

听起来/tmp 驱动器已满，或者存在一些权限问题，或者某个进程正在背后清理它。

尝试为临时文件使用另一个目录。

为此，请设置环境变量TMPDIR，或将目录名称作为第二个参数传递给构造函数：

Parallel::ForkManager->new($max_process, $tmp_dir_qfn)