我在尝试安装 Prokka 时收到错误消息答案

【问题标题】：I got a error message tryinh to install Prokka我在尝试安装 Prokka 时收到错误消息
【发布时间】：2020-03-07 08:39:17
【问题描述】：

我正在尝试安装一个名为 prokka(http://www.vicbioinformatics.com/software.prokka.shtml) 的软件但是我在安装时遇到了错误。

我尝试通过 git hub clone 进行安装：得到了这个：

在@INC 中找不到 XML/Simple.pm（您可能需要安装 XML::Simple 模块）（@INC 包含：/home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64- linux-thread-multi /home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2 /home/paulo/anaconda3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /home/paulo/anaconda3/lib/5.26。 2 .) 在 /home/paulo/prokka/bin/prokka 第 29 行。 BEGIN 失败——编译在 /home/paulo/prokka/bin/prokka 第 29 行中止。

我尝试使用以下方式安装 XML：

sudo cpan install

但没有奏效。

我还按照要求依次安装了所有其他依赖项，但似乎不起作用。

然后我尝试使用 conda 并得到了这个：

ERROR conda.core.link:_execute(700): 发生错误时安装包'bioconda::perl-algorithm-diff-1.1903-pl526_2'。回滚事务：完成 [Errno 13] 权限被拒绝： '/home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/Algorithm' ()

现在我不知道还能做什么。

有什么帮助吗？

谢谢你的时间。

保罗

【问题讨论】：

PS-我尝试单独安装 bioconda::perl-algorithm-diff-1.1903-pl526_2，但也没有用。
你看过/home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/Algorithm，谁拥有它？预感可能是您使用 sudo 将该软件包的一部分安装为 root 但在您的用户下，现在您的用户无法修改。
我试试这个：ls -l /home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/Algorithmls: cannot access '/home/paulo/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/算法'：没有这样的文件或目录
可能是5.26.2 或之前的路径组件存在权限问题？
可能你打算用cpan install [MODULE]安装？

标签： perl installation

【解决方案1】：

我尝试使用以下命令安装 XML：sudo cpan install 但没有成功。

确切地知道这是如何失败的会很有帮助。您收到了哪些错误消息。

你没有说你要在什么样的系统上工作，但如果你使用的是 Linux 发行版，几乎可以肯定有一个用于 XML::Simple 的预构建包。在基于 Red Hat 的系统上尝试sudo dnf install Perl-XML-Simple，在基于 Debian 的系统上尝试sudo apt-get install libxml-simple-perl。

【讨论】：

【解决方案2】：

只需进行一次 conda 更新，创建一个 env prokka 就完成了。感谢您的帮助和时间。

保罗

【讨论】：