用 perl 查找 DNA 序列中的核苷酸答案

【问题标题】：Find nucleotides in DNA sequence with perl用 perl 查找 DNA 序列中的核苷酸
【发布时间】：2011-10-28 18:08:20
【问题描述】：

我有序列 DNA，我想在人们选择的位置找到序列的核苷酸。下面是例子：

输入序列 DNA： ACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCAC（序列长度为33）输入位置：(12)

我希望结果是第 12 位核苷酸是 AAA。

我没有问题找到该位置的氨基酸。以下是我拥有的当前代码。

print "ENTER THE FILENAME OF THE DNA SEQUENCE:= ";
$DNAfilename = <STDIN>;
chomp $DNAfilename;
unless ( open(DNAFILE, $DNAfilename) ) {
  print "Cannot open file \"$DNAfilename\"\n\n";
}
@DNA = <DNAFILE>;
close DNAFILE;
$DNA = join( '', @DNA);
print " \nThe original DNA file is:\n$DNA \n";
$DNA =~ s/\s//g;

print" enter the number ";
$po=<STDIN>;

@pos=$DNA;
if ($po>length($DNA)) 
{
  print" no data";
}

else 
{
  print " @pos\n\n";
}

请告诉我如何找到 DNA 序列的位置。

【问题讨论】：

标签： perl bioinformatics

【解决方案1】：

my $nucleotide = substr $DNA, $po, 3;

这将从位置 $po 到 $po+2 的 3 个核苷酸分配给 $nucleotide。

【讨论】：

非常感谢。当我输入高数字位置（14488）时，我必须找到氨基酸但序列很长（3272733 bp），这个程序没有运行。请告诉我这个程序中的问题。
请试试下面Xaerxess的提议。它应该提取您想要的数据。否则给我们你得到的输出和/或错误信息。

【解决方案2】：

会是这样的：

use strict;
use warnings;

print 'ENTER THE FILENAME OF THE DNA SEQUENCE:= ';
my $DNA_filename = <STDIN>;
chomp $DNA_filename;
unless (open(DNAFILE, $DNA_filename))
{
    die 'Cannot open file "' . $DNA_filename . '"' . "\n\n";
}

my @DNA = <DNAFILE>;
close DNAFILE;

my $DNA_string = join('', @DNA);
print "\n" . 'The original DNA file is:' . "\n" . $DNA_string . "\n";
$DNA_string =~ s/\s//g;

print ' enter the number ';
my $pos = <STDIN>;

if ($pos > length($DNA_string)) 
{
    print ' no data';
}
else
{
    print ' ' . substr($DNA_string, $pos, 3) . "\n\n";
}

一些cmets：

始终使用use strict 和use warnings - 它会帮助您编写更好且无错误的代码。
我个人不喜欢在双引号字符串中使用插值，因此使用了这些连接。
结果的位置从 0 开始 - 如果需要，您可以更改最后一个 if 的条件和 else。

编辑：我误读了关于核苷酸的部分问题，正如@hexcoder 所写，你想要substr($DNA_string, $pos, 3)。

【讨论】：