Perl 哈希和 if-else 条件语句

Question

有人可以帮忙吗？我看不出哪里出错了-

我正在尝试为输入文件中的相同值创建两个包含不同键的哈希，以便选择所有大于或等于 2 的键值对并将其打印到单独的文件中。

输入文件，其中第一列是 ID 号，第二列是 ID 名称，第三列是表达式值。 输入文件（input.txt）：

ENSG00000251791 SCARNA6 2.5
ENSG00000238862 SNORD19B 6.3
ENSG00000238527 SNORD112 -3

我想选择表达式大于或等于 2 的 ID 号和名称，并将它们打印到单独的文件中，如下所示：

ENSG00000251791 SCARNA6 2.5
ENSG00000238862 SNORD19B 6.3

我已经简化了之前的脚本，它确实可以工作（感谢 M42），因为我的文件非常大，需要节省空间。

代码如下：

use strict;
use warnings;

my $input = 'input.txt';                
open my $input_file_handle, '<', $input or die $!;

while (<$input_file_handle>) {
  chomp($_);
  my @id = split(/\s+/);
  my %id1;
  my %id2;

  my $id1{$id[0]} = $id[1];
  my $id2{$id[0]} = $id[2];
  foreach (keys%id1) {
    print $_,"\t", $id1{$_}, "\t", $id2{$_};
  }
}

foreach (keys%id1) {
  print "$_ ";
  if ($id1{$_} >= 2) {
    print "$id1{$_}";
  } else {
    print "N/A";
  }
}

我不断收到 @id 和 %id 的需要明确的包名称错误消息。我不确定我哪里出错了。如果有人有任何建议或解释，那就太好了。

谢谢 哈丽特

Answer 1

您收到“显式包”警告的原因是您在错误的范围内声明变量：

while (<$input_file_handle>) {
    ...
    my @id ...
}  # end of block that @id is in -> end of scope

   # @id is out of scope here

因此，如果您希望您的错误消失，您可以在 while 循环之外声明变量。但是，您尝试的解决方案不是很好。首先，您根本不需要存储任何值，如果您只想检查第 3 列是否 >= 2。其次，您不需要两个哈希值来存储值，您只需使用一个。第三，如果您只对重新打印原始行感兴趣，那么存储 split 的值是没有意义的。这就是你真正需要的功能：

while (<>) {
    my ($num, $name, $val) = split;
    if ($val >= 2) {
        print;
    }
}

这里的所有值都存储在临时变量中，在每次循环迭代结束时超出范围。

你可以这样称呼它：

perl script.pl input.txt > output.txt

也是一个相当简单的单行：

perl -ane 'if ($F[2] >= 2) { print }' input.txt > output.txt

Answer 2

use strict;
use warnings;

my $input = 'input.txt';                
open my $input_file_handle, '<', $input or die $!;

my %hash;
while (<$input_file_handle>) {
  chomp;
  my ($k, @id) = split /\s+/;
  $hash{$k} = \@id;
}

for my $k (sort keys %hash) {
  my $id = $hash{$k};
  if ($id->[1] >=2) {
    print "@$id\n";
  }
}