“我的”的问题[关闭]

Question

我有一个程序旨在从 multifasta 中提取行并通过 THREADER 运行它们：

#¡/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
use File::Temp qw(tempfile);

my $filename = 'unchar_prot';   #open file
open (my $fh, '<:encoding(UTF-8)', $filename)
    or die "Error - cannot open file";

my %id2seq = (); #create a hash
my $seq_id = '';
while (my $line = <$fh>) {
    chomp $line;
    if ($line =~ /^>(.+)/) { #Find lines starting in >
        $seq_id = $1;
    } else {
        $id2seq{$seq_id} .= $line; #Store seq and ID on hash
    }
}

open(my $outfile, '>', 'out.txt') or die
close (my $outfile)

while (my ($seq_id, $seq) = each %id2seq) { #Call key and value from hash 
    my ($temp_fh, $prot) = tempfile ("tempXXXX", SUFFIX => '.seq'); #create a temporary file
    print $temp_fh ">$seq_id\n$seq\n"; #print the 2 lines to the temp file 
    my ($out_fh, $out) = tempfile("outXXXX", SUFFIX => '.txt'); # create a temporary outfile 
    system ('nohup threader -p $temp_fh $out_fh cdc6.lst &'); #call threader 
    open($outfile, '>>', 'out.txt');
    print $outfile "$out_fh"; # append the content of the temp out to the main outfile
} 

当我尝试运行它时，“我的”会出现很多问题：

“my”变量 $outfile 掩盖了 testfile4.pl 第 22 行同一语句中的早期声明。

“my”变量 $seq_id 掩盖了 testfile4.pl 第 24 行相同范围内的早期声明。

“my”变量 $temp_fh 掩盖了 testfile4.pl 第 26 行同一语句中的早期声明。

“my”变量 $seq_id 掩盖了 testfile4.pl 第 26 行同一语句中的早期声明。

“my”变量 $seq 掩盖了 testfile4.pl 第 26 行同一语句中的早期声明。

testfile4.pl 第 24 行的语法错误，靠近 ") {"

testfile4.pl 第 31 行“}”附近的语法错误

testfile4.pl 的执行由于编译错误而中止。

有人知道这里发生了什么吗？我怎样才能让它运行？

PS 我知道这可能还有很多其他的问题。我是一个初学者，我不需要它整洁或高效，我只需要它工作。

Answer 1

作为提示 - 每当您遇到大量此类错误时，通常是，因为您错过了分号或右括号。

喜欢这一行：

open(my $outfile, '>', 'out.txt') or die
close (my $outfile)

你需要一个分号。您还不需要my 它，因为您已经将$outfile 声明为open 语句的一部分。

当然，打开后立即关闭它也没有多大意义。

（另外 - shebang 行中的 ! 是怎么回事？）

这里还发生了一些其他非常奇怪的事情。喜欢：

print $outfile "$out_fh"; # append the content of the temp out to the main outfile

我不认为那会做你想做的事。因为$out_fh 是一个文件句柄，所以您将打印“GLOB(0xDEADBEEF)”或类似内容。