ggplot2中biplot的自写代码

Question

我想拥有自己的脚本来绘制 PCA 的负载和分数。 主要问题是载荷和分数不是相同的单位度量（在我的数据中）。我假设我需要在我的代码中以某种方式缩放负载。 在这里，我尝试了一个关于虹膜数据的 PCA 双图示例，但是这段代码给出了错误：

错误：不知道如何将 o 添加到绘图中

# mybiplot
# load data in
data <- (iris)
iris <- data[,1:4]
species <- data[,5]

# apply pca
pca <- prcomp(iris, center = TRUE,scale. = TRUE)

# extract scores and loadings
scores <- as.data.frame(pca$x)
loadings <- as.data.frame(pca$rotation) 
label <- species

# make biplot
p = ggplot()+
    geom_point(data = scores, aes(x=PC1, y=PC2, colour = factor(label)))+
    geom_segment(data = loadings, aes(x=0,y=0,xend=PC1,yend=PC2),
    arrow=arrow(length=unit(0.1,"cm")), color = "#DCDCDC")+
    geom_text(data = loadings, aes(x=PC2, y=PC3, label=label),color="#006400")
p

我想摆脱这个错误（并了解它发生的原因以及代码有什么问题），以及如何在一个双标图中获得分数和负载。 biplot(PCA) 显然有效，但我需要一个更灵活的自写代码。 ggbiplot() 和 autoplot() 根本不起作用。

Answer 1

问题在于您的geom_text 层

geom_text(data = loadings, aes(x=PC2, y=PC3, label=label),color="#006400")

loadings$PC2 和 loadings$PC3 的长度均为 4，但 label 的长度为 150。它们不能一起使用。