Ubuntu 在 R 中删除 .libPaths()

Question

安装 RStudio 后，我运行：

library()

警告信息： 库 '/usr/local/lib/R/site-library', 'usr/lib/R/site-library' 不包含任何包

然后我输入：

.libPaths()

[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

如何删除 [2] 和 [3] 以防止警告消息再次出现？

预期输出：

.libPaths()

[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[4] "/usr/lib/R/library"

Answer 1

Linux

首先要做的是阅读手册页 (?.libPaths)，然后您会看到：

'.libPaths' 用于获取或设置 R 知道的库树（因此在查找包时使用）。如果使用参数“new”调用，则库搜索路径将设置为 unique(c(new, .Library.site, .Library)) 中的现有目录并返回。如果不给定参数，则返回具有当前活动库树的字符向量。

（强调添加）。这应该让我们想知道.Library.site 持有什么。奇怪的是，它拥有“应该”始终保留的系统范围（ergo “站点”）库路径，因此它们始终被维护。

它进一步说：

“.Library.site”可以通过环境变量“R_LIBS_SITE”设置（作为非空分号分隔的库树列表）。

所以修复它的一种方法是在启动 R 时给它一个空字符串（不能在 R 中完成）：

# in bash on the command line:
$ R_LIBS_SITE=" " R

# in R
R> .libPaths()
[1] "/usr/lib/R/library"

使用 RStudio 的方法是创建一个至少包含以下内容的 ~/.Renviron 文件：

R_LIBS_SITE=" "

完成后，您无需再从.libPaths() 中删除辅助站点库路径：

R> .libPaths()
[1] "/usr/lib/R/library"

窗口

假设您正在执行以下操作：

R> .libPaths(c("/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2", .libPaths()))
[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

如果您想在完成此操作后更正它，那么只需执行以下操作：

R> .libPaths( c(.libPaths()[c(1,4)]) )
[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[2] "/usr/lib/R/library"

或者，您可以第一次这样做（即，虽然它仍然包含三个元素，其中两个对您不利）：

R> .libPaths(c("/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2", .libPaths()[3]))
[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[2] "/usr/lib/R/library"

当然有一种方法可以以编程方式过滤路径，而不是盲目地采用第三个元素，但现在应该可以了。