闪亮的 downloadButton() 和 downloadHandler() 500 错误

Question

我开发了一个闪亮的仪表板，我有几个通过反应式文件阅读器导入的数据框等。我还添加了一个“生成 PDF”按钮，在我的 ui.R 代码中使用 downloadButton()。我的 server.R 代码实现了 downloadHandler() 来处理该请求。

在我的 Windows 桌面上，这一切都完美无缺。我希望它在我设置的 Linux 服务器上运行。当然，我不得不修改一些路径，Shiny Server 在这个盒子上以 root 身份运行。当我在 Linux 服务器上运行的站点上单击“生成 PDF”按钮时，我几乎立即收到 HTTP 500 错误。我自己在 Linux 服务器上手动编译了 pdfReport.Rmd 文件，它运行得很好。

我猜两件事之一：

1. 不知何故，数据在 Linux 机器上的传递方式与在 Windows 桌面上的传递方式不同。这可能不太可能，但有可能。
2. 我的路径有问题，所以当写入临时文件以开始生成 PDF 时，系统没有能力或不存在写入文件的路径。可能我的 downloadHandler() 代码在某些方面格式不正确。我认为这比 #1 的可能性更高。

这是我的 downloadHandler() 代码：

output$pdfReport <- downloadHandler(
  # For PDF output, change this to "report.pdf"
  filename = reactive({paste0("/srv/shiny-server/itpod/","ITPOD-",Sys.Date(),".pdf")}),

  content = function(file) {
    # Copy the report file to a temporary directory before processing it, in
    # case we don't have write permissions to the current working dir (which
    # can happen when deployed).

    tempReport <- file.path("/srv/shiny-server/itpod", "pdfReport.Rmd")
    file.copy("report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

    params <- list(ilp=updateILP(), ico=updateICO(), sec=updateSecurity(), ppwc=updateWorkPreviousPeriodCompleted(),
                   pow=updateOngoingWorkCABApproved(), pwcr=updatePlannedWorkCABRequested(), epca=updateEmergencyChangesPendingCABApproval(),
                   fac=updateFacilities(), drs=updateDRStatus(), ov=updateOperationalEvents(), sl=updateStaffLocations(),
                   w = updateWeather())

    # Knit the document, passing in the `params` list, and eval it in a
    # child of the global environment (this isolates the code in the document
    # from the code in this app).
    rmarkdown::render(tempReport, output_file = file, params = params, envir = new.env(parent = globalenv())
    )
  }
)

我认为路径可能是不可写的，所以我尝试将其更改为 /tmp，但这也不起作用。翻来覆去，我发现当我点击“生成 PDF”按钮时，我得到一个带有“会话”的长 URL：

http://my.url.com:3838/itpod/session/d661a858f5679aba26692bc9b4442872/download/pdfReport?w=

我开始怀疑这是否是问题所在，并且我没有写入当前会话的路径或其他什么？对于 Shiny 来说，这对我来说是一个新领域。就像我说的，在我的桌面上它工作正常，但是一旦我将它部署到 Linux 服务器，它就不能正常工作。任何帮助将非常感激。提前致谢！

Answer 1

好的 - 经过多次故障排除后，我发现我在闪亮的 webroot 中拥有的一些文件是主 pdfReport.Rmd 文件的依赖项，因为代码将报告复制到临时目录。

因为我不想将所有文件从我的 webroot 复制到 temp，所以我决定让报告在 webroot 本身内呈现。对我来说，这没什么大不了的，因为我闪亮的应用程序无论如何都是以 root 身份运行的。

现在我将解决这个问题，基本上我的解决方法是执行以下操作：

1. 让服务以普通用户身份运行
2. 我必须在报告代码中静态引用它们，而不是报告依赖的文件的副本。

对于所有可能已经阅读并正在努力的人，我深表歉意。我的修复是对上面的代码如下：

output$pdfReport <- downloadHandler(
      # For PDF output, change this to "report.pdf"
      filename = reactive({paste0("/srv/shiny-server/itpod/","ITPOD-",Sys.Date(),".pdf")}),

      content = function(file) {
        # Copy the report file to a temporary directory before processing it, in
        # case we don't have write permissions to the current working dir (which
        # can happen when deployed).

        report <- file.path(getwd(), "pdfReport.Rmd")
        #tempReport <- file.path(tempdir(), "pdfReport.Rmd")
        #file.copy("pdfReport.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)

        params <- list(ilp=updateILP(), ico=updateICO(), sec=updateSecurity(), ppwc=updateWorkPreviousPeriodCompleted(),
                       pow=updateOngoingWorkCABApproved(), pwcr=updatePlannedWorkCABRequested(), epca=updateEmergencyChangesPendingCABApproval(),
                       fac=updateFacilities(), drs=updateDRStatus(), ov=updateOperationalEvents(), sl=updateStaffLocations(),
                       w = updateWeather())

        # Knit the document, passing in the `params` list, and eval it in a
        # child of the global environment (this isolates the code in the document
        # from the code in this app).
        rmarkdown::render(report, output_file = file, params = params, envir = new.env(parent = globalenv())
        )
      }
    )

  })

注意，我没有将文件复制到临时目录，而是在当前工作目录中指定文件。