R studio 没有使用 system2() 运行程序，我怎样才能让它运行我的程序？答案

【问题标题】：R studio isn't running a program using system2(), how can I get it to run my program?R studio 没有使用 system2() 运行程序，我怎样才能让它运行我的程序？
【发布时间】：2021-12-30 13:35:20
【问题描述】：

我正在尝试从 R Studio 中的脚本运行已编译的程序 (idemp - https://github.com/yhwu/idemp)。四天前，我刚刚在 2021 年 11 月 15 日安装了最新版本的 R studio 和 R。

我按照 idemp 页面上的说明在 Windows 10 的 Ubuntu（Linux 的 Windows 子系统）中下载和编译 idemp。我可以在 idemp 的正确路径中看到文件。

R Studio 似乎没有运行任何东西。这是我正在尝试的代码：

idemp <- "C:/Users/User/Downloads/idemp-master/idemp"
system2(idemp)

RStudio 控制台没有输出。

然后我设置了参数并尝试使用参数运行，但 RStudio 控制台没有输出，RStudio 控制台的右上角也没有出现“运行”停止标志。

flags = paste("-b", barcode, "-I1", I1, "-R1", R1, "-R2", R2, "-o", demultiplexed_path)
system2(idemp, args = flags)

谁能建议我如何让 RStudio 运行 idemp？

我知道system2() 会起作用，因为它可以在此脚本中使用不同的程序正常工作。

【问题讨论】：

你测试过idemp编译是否正确吗？
是的，我对 idemp 进行了测试，它成功完成了。

标签： r bioinformatics system2

【解决方案1】：

我最终弄清楚了我的问题。我认为system2() 正在尝试运行 Windows 程序。 Idemp 是一个命令行程序。
我使用以下方法让它工作：

system('bash -c idemp')

【讨论】：