将 RData 文件读入 Shiny 应用程序

Question

我正在开发一个闪亮的应用程序，它将读取一些 RData 文件并显示包含内容的表格。这些文件由最终将数据转换为数据框的脚本生成。然后使用 save() 函数保存它们。

在闪亮的应用程序中，我有三个文件：

ui.R、server.R 和 global.R

我希望间隔读取文件，以便在更新文件时更新它们，因此我正在使用：

reactiveFileReader() 

我已按照我在网上找到的一些说明进行操作，但我不断收到错误消息“错误：需要 TRUE/FALSE 的地方缺少值”。我试图简化这一点，所以我没有使用：

reactiveFileReader() 

功能，只需将文件加载到 server.R 中（也在 global.R 文件中尝试过）。再次，

load()

语句正在读取数据帧。我通过加载文件，然后将文件分配给一个变量并执行“as.data.table”来完成这项工作，但这没关系，这应该以数据帧格式读取就可以了。我认为这是一个范围界定问题，但我不确定。有什么帮助吗？我的代码在：

http://pastebin.com/V01Uw0se

非常感谢！

Answer 1

这是受http://www.r-bloggers.com/safe-loading-of-rdata-files/ 这篇帖子启发的可能解决方案。 Rdata 文件被加载到一个新环境中，以确保它不会产生意外的副作用（覆盖现有变量等）。单击按钮时，将生成一个新的随机数据框，然后将其保存到文件中。然后，reactiveFileReader 将文件读入新环境。最后，我们访问新环境中的第一项（假设 Rdata 文件仅包含一个变量，即数据框）并将其打印到表中。

library(shiny)

# This function, borrowed from http://www.r-bloggers.com/safe-loading-of-rdata-files/, load the Rdata into a new environment to avoid side effects
LoadToEnvironment <- function(RData, env=new.env()) {
  load(RData, env)
  return(env)
}

ui <- shinyUI(fluidPage(

  titlePanel("Example"),

  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      actionButton("generate", "Click to generate an Rdata file")
    ),

    mainPanel(
      tableOutput("table")
    )
  )
))

server <- shinyServer(function(input, output, session) {

  # Click the button to generate a new random data frame and write to file
  observeEvent(input$generate, {
    sample_dataframe <- data.frame(a=runif(10), b=rnorm(10))
    save(sample_dataframe, file="test.Rdata")
    rm(sample_dataframe)
  })

  output$table <- renderTable({
    # Use a reactiveFileReader to read the file on change, and load the content into a new environment
    env <- reactiveFileReader(1000, session, "test.Rdata", LoadToEnvironment)
    # Access the first item in the new environment, assuming that the Rdata contains only 1 item which is a data frame
    env()[[names(env())[1]]]
  })

})

shinyApp(ui = ui, server = server)

Answer 2

好的 - 我想出了如何做我需要做的事情。对于我的第一个问题，我想要“renderDataTable”的外观和感觉，但我想拉入一个数据框（renderDataTable / dataTableOutput 不允许这样做，它必须是表格格式）。为了做到这一点，我找到了 ReportingTools（来自 Bioconductor）的方便用法以及他们是如何做到的。这允许您直接使用数据框，并且仍然拥有带有排序、搜索、分页等的 HTML 表格。可以在此处找到信息：

https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ReportingTools.html

现在，关于我的第二个问题 - 定期更新数据和表格，而无需重新启动应用程序。事实证明这很简单，我只是花了一些时间才弄清楚，对 Shiny 来说是新手。需要指出的一点是，为了使这个示例简单，我使用了 renderTable 而不是上面带有 ReportingTools 包的解决方案。我只是想让这个例子简单。我做的第一件事就是将我所有的 server.R 代码（在 shinyServer() 函数中）包装在一个 observe({}) 中。然后我使用 invalidateLater() 告诉它每 5 秒刷新一次。代码如下：

## server.R ##
library(shiny)
library(shinydashboard)
library(DT)

shinyServer(function(input, output, session) {

  observe({

    invalidateLater(5000,session)

    output$PRI1LastPeriodTable <- renderTable({
      prioirtyOneIncidentsLastPeriod <- updateILP()
    })
  })
})

现在，对于 renderTable() 部分，我只是调用加载的 .Rdata 文件的对象名称，但我希望每次都读取它，所以我在我的 global.R 文件中创建了一个函数（这个可能已经在 server.R) 中加载文件。代码在这里：

updateILP <- function() {
  load(file = "W:/Projects/R/Scripts/ITPOD/itpod/data/prioirtyOneIncidentsLastPeriod.RData", envir = .GlobalEnv)
  return(prioirtyOneIncidentsLastPeriod)
}

就是这样，global.R 文件中没有其他内容。您的 ui.R 将是您对其进行设置、调用 tableOutout、dataTableOutput 或您在 UI 中的任何呈现方法。因此，每 5 秒发生的情况是，每 5 秒读取一次 renderTable() 代码，然后调用实际读取文件的函数。我通过对数据文件进行更改来测试这一点，并且闪亮的应用程序在没有任何交互的情况下更新。奇迹般有效。

如果这不优雅或效率不高，请告诉我是否可以改进，这是我能解决的最直接的方法。感谢大家的帮助和cmets！