Dockerized flexdashboard 应用程序不会在 localhost 中运行

Question

我正在尝试创建一个 Dockerized Flexdashboard 应用程序。我可以在本地运行它，但不能在本地主机中运行。 但是，我可以在同一个 docker 映像中运行闪亮的应用程序。有趣的是，本地主机中的错误消息显示 Flexdashboard 应用程序的“未找到”，这与页面根本不存在时不同（“未找到页面”）。

如何 Dockerize 一个 Flexdashboard 应用程序？

MWE

dir.create("testshinydocker")
dir.create("testshinydocker/apps")
dir.create("testshinydocker/apps/kmeans")
dir.create("testshinydocker/apps/kmeansflex")

cat(readLines("https://raw.githubusercontent.com/rstudio/shiny-examples/master/050-kmeans-example/server.R"),
    file = "testshinydocker/apps/kmeans/server.R", sep = "\n")

cat(readLines("https://raw.githubusercontent.com/rstudio/shiny-examples/master/050-kmeans-example/ui.R"),
    file = "testshinydocker/apps/kmeans/ui.R", sep = "\n")

cat(
  c('FROM rocker/shiny:latest\n',

  "RUN  echo 'install.packages(c(\"flexdashboard\"), \\",
  "repos='$MRAN', \\",
  "dependencies=TRUE)' > /tmp/packages.R \\",
  "  && Rscript /tmp/packages.R\n",

  'EXPOSE 3838\n',
  'COPY apps /srv/shiny-server/\n',
  'CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]\n'),
  file = "testshinydocker/Dockerfile",
  sep = "\n"
)

cat(readLines("https://raw.githubusercontent.com/rstudio/flexdashboard/master/examples/11_shiny-kmeans-clustering/dashboard.Rmd"),
    file = "testshinydocker/apps/kmeansflex/kmeans2.Rmd", sep = "\n")

shiny::runApp('testshinydocker/apps/kmeans')

rmarkdown::run("testshinydocker/apps/kmeansflex/kmeans2.Rmd")

Docker 代码（在 Powershell 中运行）

cd {path to testshinydocker directory}
docker build -t myapp .
docker run --rm -d -p 3838:3838 myapp

本地主机 URL

• http://localhost:3838/kmeans（工作）
• http://localhost:3838/kmeansflex（“未找到”错误）
• http://localhost:3838/dinosaurs（“找不到页面”错误）

闪亮的应用工作

Flexdashbord 应用“未找到”

不存在的恐龙页面“找不到页面”

Answer 1

这可能是由于您的图像中使用的 rmarkdown 包中的错误（rmoarkdown v. 1.18）造成的，并且与此相关：https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1731 和 https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1714。我猜http://localhost:3838/kmeansflex/kmeans2.Rmd 确实有效。

您可以通过以下方式进行测试。在应用程序文件夹中创建一个闪亮的应用程序，以查看正在运行的 rmarkdown 版本。在 apps 中创建一个名为“rmarkdown”的文件夹。然后将以下简单的 ui.R 和 server.R 脚本放入其中以构建闪亮的应用程序（我们知道闪亮的应用程序会为您呈现）以确定您拥有的 rmarkdown 版本：

ui.R 脚本

fluidPage( 
  hr(),
  fluidRow(column(3, verbatimTextOutput("value")))   
)

server.r 脚本

function(input, output) {
​  output$value <- renderPrint({ utils::packageVersion('rmarkdown') })
}

然后docker build 并重新docker run 并在浏览器中转到http://localhost:3838/rmarkdown/。它应该将您带到屏幕并显示您拥有的 rmarkdown 版本。如果是 1.18，那就是罪魁祸首。

潜在解决方案

如果安装的 rmarkdown 是 1.18 版，则可能的解决方案是在 Dockerfile 中从 github 安装 rmarkdown，这样您就可以获得没有此错误的更新版本，一切都很好。这是 Dockerfile 中的样子：

FROM rocker/shiny:latest

# apt-get and system utilities
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    libssl-dev \
    libsodium-dev

RUN  echo 'install.packages(c("flexdashboard", "remotes", "openssl"), \
repos='$MRAN', \
dependencies=TRUE)' > /tmp/packages.R \
  && Rscript /tmp/packages.R

RUN Rscript -e 'remotes::install_github("rstudio/rmarkdown")' 

COPY apps /srv/shiny-server/


EXPOSE 3838

CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]