column_spec 将 Rmd 输出中的 PDF 崩溃为闪亮应用程序中的 PDF 和 html

Question

编辑：因为我在全局函数中设置了格式选项，所以我必须在 kable_styling() 调用中设置 latex_options 或 bootstrap_options。我使用的是bootstrap_options，它没有被乳胶读取。我的解决方法是制作两次表格，一次在 html 块中，一次在乳胶块中。不是很好，但如果我单击Knit 按钮并选择Knit to PDF，它会起作用。但是，当我尝试在闪亮的应用程序中运行它时，它会引发原始错误。

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我已经为我的项目创建了一个测试版本 (MiniTest)。我需要做的是让shiny 应用程序运行一个选项卡，该选项卡将为用户选择的（反应性）国家/地区生成一个 html 文件，并提供 Excel 下载（我有这个工作，所以将其排除在此示例之外）和 PDF 下载。我在一个 .Rmd 中编织，它选择格式并允许参数化。 （闪亮的部分是其他人设置的，当他们在完成之前离开时我接手了这个项目。）

我使用kable 和kableExtra 来创建和格式化表格，因为我听说它用于html 和LaTeX 输出。 HTML 比我想要的少。我可以编织 html 或 PDF，它可以运行，但是在闪亮的应用程序中，只有 html 部分有效。我想我已经将 PDF 问题缩小到 column_spec 导致下载崩溃。如果我注释掉 t01 和 t02 中的 column_spec 行，下载 PDF 就会运行。但我需要那种格式。很抱歉，我忘记了我搜索过的所有网站。

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在global.R，我设置：

countries <- c("ABC", "DEF", "GHI", "JKL")

在 .Rmd 中，我设置了 YAML（国家和输出类型有两个空格缩进）：

参数：
国家：ABC
输出：
pdf_document：默认
html_document: 默认

相关的 .Rmd 块和内联代码包括：

knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
options(knitr.table.format = function() {
  if (knitr::is_latex_output()) "latex" else "html"
})
library(shiny) 
library(htmlwidgets) 
library(shinythemes) 
library(shinydashboard) 
library(shinyjs) 
library(shinycssloaders)
library(markdown)
library(tidyr)
library(tidyverse)
library(janitor)
library(kableExtra)
options(scipen = 999)

mini <- mtcars %>%
  tibble::rownames_to_column(var = "car") %>%
  mutate(Country = c(rep("ABC", 8), rep("DEF", 8), rep("GHI", 8), rep("JKL", 8)))

## https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/font-color.html
colorize <- function(x, color) {
  if (knitr::is_latex_output()) {
    ## hack setting color='blue' instead of a hexcode with # that breaks the LaTeX code
    sprintf("\\textcolor{%s}{%s}", color = 'blue', x)    ## works, but isn't right blue
    } else if (knitr::is_html_output()) {
    sprintf("<span style='color: %s;'>%s</span>", color, x)
  } else x
}


## make two tables with `kable` and `kableExtra`
new_title <- paste0("Dynamically Changing Country Name in column", params$Country)
t01 <- mini %>% 
  filter(Country == params$Country) %>%
  select(car, mpg:hp) %>%
  rename({{new_title}} := car) %>%
  kable(align = c("l", "c", "c", "c", "c")) %>%
  kable_styling(full_width = FALSE, position = "left", bootstrap_options = c("striped", "condensed")) %>%
  column_spec(1, bold = TRUE) %>%
  column_spec(2:3, width = "5em") %>%
  row_spec(0, color = "#2A64AB") %>%
  row_spec(6, bold = TRUE)


t02_title <- paste0(params$Country, " Table with Dollar Signs in Var Names")
t02 <- mini %>%
  filter(Country == params$Country) %>%
  select(car, drat, wt) %>%
  mutate(car = case_when(car == "Mazda RX4" ~ "Mazda RX4 (US\\$)*", TRUE ~ as.character(car))) %>%
  ## want to blank out column names - removing them entirely would be best, but it fails
  kable(align = c("l", "r", "c"), escape = TRUE, col.names = c("", "", "")) %>%
  kable_styling(full_width = FALSE, position = "left", bootstrap_options = c("striped", "condensed")) %>%
  column_spec(1, bold = TRUE) %>%
  column_spec(2, width = "10em") %>%
  footnote(general = "*Never smart to start with an asterisk, but here we are", general_title = "")


## make two charts with `ggplot2`

chart1 <- mini %>%
  filter(Country == params$Country) %>%
  select(car, mpg:hp) %>%
  ggplot2::ggplot(mapping = aes(x = mpg)) +
    geom_col(aes(y = `cyl`, fill = "cyl"), color = "black")
c1_title <- paste0("Some fab title here for ", params$Country)

chart2 <- mini %>%
  filter(Country == params$Country) %>%
  select(car, vs:carb) %>%
  ggplot2::ggplot(mapping = aes(x = carb)) +
    geom_col(aes(y = `gear`, fill = "gear"), color = "black")
c2_title <- paste0("Another chart, ", params$Country)


## make a "tiny" LaTeX environment that is only generated for LaTeX output, with chunk setting `include = knitr::is_latex_output()`.
knitr::asis_output('\n\n\\begin{tiny}')

## Table 1
t01

我希望会弹出一个 PDF，但会弹出一个保存文件框，要求保存没有文件扩展名的“DownloadPDF”。 ui.R 应该将其命名为“FactCountryName.pdf”，其中“CountryName”是从用户在下拉列表中选择的国家/地区输入的。无论我选择保存（没有任何反应）还是取消，我的 R 都会抛出以下错误：

``` ！ LaTeX 错误：数组 arg 中有非法字符。 ```

如果我注释掉column_spec(1, bold = TRUE) %>%这一行，错误会变成：

``` ！ \@array 的使用与其定义不匹配。 \new@ifnextchar ...served@d = #1\def \reserved@a { #2}\def \reserved@b {#3}\f... l.74 ...m}|>{\centering\arraybackslash}p{5em}|c|c} ```

请帮忙！

Answer 1

原来使用 R 中的 Knit 按钮会自动加载所需的 LaTeX 包，例如 booktabs。在 Shiny 应用程序中运行文件并没有加载所有需要的包。我所要做的就是专门调用 YAML 中的额外包（我是通过 Knit 按钮查看由 PDF 生成的 .tex 文件发现的）。

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params:  
  Country: ABC  
header-includes:  
- \usepackage{booktabs}
- \usepackage{longtable}
- \usepackage{array}
- \usepackage{multirow}
- \usepackage{wrapfig}
- \usepackage{float}
- \usepackage{colortbl}
- \usepackage{pdflscape}
- \usepackage{tabu}
- \usepackage{threeparttable}
- \usepackage{threeparttablex}
output:
  pdf_document:
    keep_tex: true
  html_document: default
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