闪亮的服务器 - 如何在 localhost 中安装软件包？答案

【问题标题】：Shiny server - how to install packages in localhost?闪亮的服务器 - 如何在 localhost 中安装软件包？
【发布时间】：2016-05-08 20:12:01
【问题描述】：

我已经按照here 的步骤在我的本地机器上安装了 Shiny Server。

我还设法让默认示例应用程序在 http://127.0.0.1:3838/sample-apps/hello/ 运行

但是当我想运行我一直在 RStduio 上工作的应用程序时，我收到了这个错误，

发生错误

应用程序启动失败。

应用程序在初始化期间退出。

库中的错误（plyr）：没有名为“plyr”的包调用： runApp ... sourceUTF8 -> eval -> eval -> ..stacktraceon.. -> 库执行停止

我已经通过 RStudio 安装了所有的包，它们都在这个目录中，

/home/tealou/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/

我可以看到 plyr 已经安装了。

.../3.2/
      plyr/

但是为什么Shiny Server没有提取上面目录中的包呢？

那么我应该在哪里安装服务器的软件包？以及如何？

有什么想法吗？

编辑：

# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"
run_as shiny;

# Define a server that listens on port 3838
server {
  listen 3838;

  # Define a location at the base URL
  location / {

    # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory
    site_dir /srv/shiny-server;

    # Log all Shiny output to files in this directory
    log_dir /var/log/shiny-server;

    # When a user visits the base URL rather than a particular application,
    # an index of the applications available in this directory will be shown.
    directory_index on;
    PATH=/home/tealou/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/
  }
}

【问题讨论】：

标签： r shiny-server shiny

【解决方案1】：

您是否知道shiny-server.conf 文件知道在您的系统中哪里可以找到 R 安装？

请阅读：

Shiny Server 期望 R 可以作为名为 R 的可执行文件使用，并且位于您运行 shiny-server 的用户的 PATH 中。请注意，在某些 CentOS 系统，PATH 将被启动脚本覆盖到 /sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin。在这样的系统上，如果 R 不是在这些位置之一可用（无论用户的路径如何），您需要调整启动脚本。

要允许 Shiny Server 在其他位置搜索 R，您需要更改 /etc/init.d/shiny-server 中的文件或 /etc/init/shiny-server.conf 取决于你的启动系统使用（如停止和启动中所述。您可以调整 PATH 变量以包含将在其中找到 R 的目录，或你可以设置一个名为 R 的环境变量来告诉 Shiny Server 它应该在哪里寻找可执行文件。

如果选择调整PATH，可以添加所在目录在定义 PATH 的行中找到名为 R 的可执行文件环境变量（PATH=/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin）。

还有一个明显的问题，以防万一：你的代码中有library(plyr)，对吗？

【讨论】：

感谢您的回答。 you have library(plyr) in your code, right? 是的，我的代码中有它。
PATH=/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin 我遇到过这部分，但我不明白 sbin: 和 bin: 是什么。我必须用其他东西代替它们吗？例如，您的意思是在shiny-server.conf 中添加PATH=/home/tealou/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/？请参阅我上面的编辑。但无论如何它都不起作用。 Rstudio 在这方面的文档很差......

【解决方案2】：

由于shiny-server 在shinyuser 上运行，提供任何软件包的最佳方式是通过以下方式为所有用户安装它：

sudo su - -c "R -e \"install.packages(c('plyr'), repos='http://cran.rstudio.com/')\""

通过此解决方案，您无需对 conf 文件进行任何更改。

【讨论】：