R中带有分组列的ggplot2 barplot，如何取消堆叠？答案

【问题标题】：ggplot2 barplot in R with grouped column, how to unstack?R中带有分组列的ggplot2 barplot，如何取消堆叠？
【发布时间】：2017-03-21 10:14:33
【问题描述】：

我正在尝试将数据（见下文）绘制为分组条形图。我已按照此处的其他建议将position = "" 更改为geom_bar，但我似乎无法使其工作。我所得到的只是一个堆积的条形图。这是我最近的尝试：

ggplot(data = IFNg, aes(x = IFNg$Location, y = IFNg$`Fold Change`)) + 
    geom_bar(position = 'identity', stat = "identity", fill = IFNg$Day) + 
    ylab("Fold Change (log_2)") + geom_errorbar(limits, width=0.15)

我也尝试了以下方法，这也导致了堆叠图，但这个颜色不同：

ggplot(data = IFNg, aes(x = IFNg$Location, y = IFNg$`Fold Change`, 
    fill= IFNg$Day)) + geom_bar(position = 'identity', stat = "identity") + 
    ylab("Fold Change (log_2)") + geom_errorbar(limits, width=0.15)

这是我的其余代码与数据：

dat <- structure(list(Day = c(1L, 3L, 7L, 21L, 1L, 3L, 7L, 21L, 1L, 
3L, 7L, 21L), Order = c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 
3L, 3L), Target = c("IFN-g", "IFN-g", "IFN-g", "IFN-g", "IFN-g", 
"IFN-g", "IFN-g", "IFN-g", "IFN-g", "IFN-g", "IFN-g", "IFN-g"), 
Location = c("Duodenum", "Duodenum", "Duodenum", "Duodenum", 
"Duodenum (Lymph)", "Duodenum (Lymph)", "Duodenum (Lymph)", 
"Duodenum (Lymph)", "Proximal Jejunum", "Proximal Jejunum",
"Proximal Jejunum", "Proximal Jejunum"), `Fold Change` = c(-1.750896098,
-2.194886907, -0.838822724, 0.680612172, -0.375563984, 0.650154987, 
0.844897327, -0.228441603, -1.298230671, -1.173634963, -1.877736135, 
0.787322978), StDev = c(0.027477611, 0.029974897, 0.19025044, 1.235986647,
0.055798435, 0.086102327, 0.115422155, 0.34470734, 0.020947691, 0.165294027,
0.040111751, 0.035010207)), .Names = c("Day", "Order", "Target", "Location",
"Fold Change", "StDev"), class = c("tbl_df", "data.frame"), row.names = c(NA,-12L))

IFNg <- dat[dat$Target == 'IFN-g', ]

limits <- aes(ymax = IFNg$`Fold Change` + IFNg$StDev,
    ymin = IFNg$`Fold Change` - IFNg$StDev)

【问题讨论】：

永远不要在aes() 中使用$。您有 data 参数来告诉 ggplot 要使用的数据框。将向量 x = data$column 而不是列名 x = column 传递给 aes 可能会导致问题。同样，（但从另一方面），美学到数据列的所有映射都需要在aes()内，包括fill = Day。
谢谢@Gregor。我已经完成了两个建议的更改，但情节仍然堆积如山。不知道发生了什么...
你的情节在技术上没有叠加。它只是将所有条形图放置在一个点上，因此您可以看到“较短”条形图后面的“较高”条形图。你希望你的图形看起来像什么？你想要一个躲避的条形图吗？如果是这样，请使用position = "dodge"。
感谢@aosmith 的建议。不幸的是，position = "dodge" 导致我的情节没有变化。不知道为什么。
可能是因为Day 不是一个因素。在aes 中使用fill = factor(Day)。

标签： r ggplot2 bar-chart

【解决方案1】：

您的大部分问题都源于您输入了您不应该输入的内容，例如 data$column 而不是 column。此外，您的 Day 是数字，但要具有由 Day 定义的不同的并排条，它需要是离散的（一个因素）。

我还想指出，?geom_bar 帮助页面并没有那么长，并且有这样一段：

默认情况下，出现在同一位置的多个 x 将按 position_stack 堆叠在一起。如果您希望它们被左右躲避，请参阅?position_dodge。最后，position_fill 通过堆叠条形然后拉伸或挤压到相同高度来显示每个 x 处的相对比例。

通常，position = 'dodge' 可以正常工作，但它会感到困惑并认为您的错误栏宽度是在这种情况下要躲避的宽度，因此我们将使用完整的 position = position_dodge()：

# No data$ inside aes()!!!
limits <- aes(ymax = `Fold Change` + StDev,
    ymin = `Fold Change` - StDev)

ggplot(data = IFNg,
  # group lets `ggplot` know we want different errorbars/bars for each day
       aes(x = Location, y = `Fold Change`, group = factor(Day))
    ) +
    geom_bar(
        stat = "identity",
        aes(fill = factor(Day)),
        position = position_dodge(width = 0.9)
    ) +
    ylab("Fold Change (log_2)") +
    geom_errorbar(
        limits,
        width = 0.15,
        position = position_dodge(width = 0.9)
    )

【讨论】：