使用 position_dodge 在条形图上叠加点（和误差线）

Question

我一直在尝试寻找特定问题的答案，但我没有成功，所以我刚刚制作了一个 MWE 在这里发布。

我尝试了here 的答案，但没有成功。

我想做的任务看起来很简单，但我想不通，我得到的结果让我有一些基本的问题......

我只想使用ggplot2 在条形图上叠加点和误差线。

我有一个长格式数据框，如下所示：

> mydf <- data.frame(cell=paste0("cell", rep(1:3, each=12)),
   scientist=paste0("scientist", rep(rep(rep(1:2, each=3), 2), 3)),
   timepoint=paste0("time", rep(rep(1:2, each=6), 3)),
   rep=paste0("rep", rep(1:3, 12)),
   value=runif(36)*100)

我试图通过以下方式获得我想要的情节：

myPal <- brewer.pal(3, "Set2")[1:2]
myPal2 <- brewer.pal(3, "Set1")
outfile <- "test.pdf"
pdf(file=outfile, height=10, width=10)
print(#or ggsave()
  ggplot(mydf, aes(cell, value, fill=scientist )) +
  geom_bar(stat="identity", position=position_dodge(.9)) +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge(.9), size=5) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_manual(values=myPal) +
  scale_color_manual(values=myPal2)
)
dev.off()

但我得到了这个：

问题是，每个“科学家”条应该有 3 个“rep”值，但这些值是按“rep”排序的（它们应该是 1、2、3、1、2、3，而不是 1 ,1,2,2,3,3)。

此外，我想用geom_errorbar 添加错误栏，但我没有找到一个可行的例子......

此外，将实际值点叠加到条形图上，这让我想知道这里实际绘制的是什么……是否正确地为每个条形图取值，以及为什么绘制最大值（或看起来如此）默认情况下。

我认为应该正确绘制的方式是使用中值（或平均值），在箱线图中添加像胡须一样的误差线（最小值和最大值）。

知道如何...

• ...“rep”值点是否以正确的顺序出现？
• ...将条形显示的值从最大值更改为中值？
• ...添加带有最大值和最小值的误差线？

Answer 1

我稍微重组了您的绘图代码以使事情变得更容易。 秘诀是使用适当的分组（否则从fill 和color 推断。另外，由于您要在多个级别上躲避，所以必须使用dodge2。

当您不确定条形图/柱形图中的“绘制在哪里”时，添加选项 color="black" 总是很有帮助的，它显示由于您使用了 dodge而不是dodge2。

p = ggplot(mydf, aes(x=cell, y=value, group=paste(scientist,rep))) +
  geom_col(aes(fill=scientist), position=position_dodge2(.9)) +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge2(.9), size=5) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")

ggsave(filename = outfile, plot=p, height = 10, width = 10)

给出：

关于误差线

由于只有三个复制品，我会展示原始数据点，也许还有小提琴图。为了完整起见，我还添加了geom_errorbar。

ggplot(mydf, aes(x=cell, y=value,group=paste(cell,scientist))) +
  geom_violin(aes(fill=scientist),position=position_dodge(),color="black") +
  geom_point(aes(cell, color=rep), position=position_dodge(0.9), size=5) +
  geom_errorbar(stat="summary",position=position_dodge())+
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")

给予

评论后更新

正如我在下面的评论中提到的，百分比的叠加会导致不良结果。

ggplot(mydf, aes(x=paste(cell, scientist), y=value)) +
  geom_bar(aes(fill=rep),stat="identity", position=position_stack(),color="black") +
  geom_point(aes(color=rep), position=position_dodge(.9), size=3) +
  facet_grid(timepoint~., scales="free_x", space="free_x") +
  scale_y_continuous("% of total cells") +
  scale_fill_brewer(palette = "Set2")+
  scale_color_brewer(palette = "Set1")