使用名为 pybel 的 python 模块进行指纹识别答案

【问题标题】：Fingerprinting using python module called pybel使用名为 pybel 的 python 模块进行指纹识别
【发布时间】：2015-10-06 00:32:48
【问题描述】：

我想使用化合物的微笑来获取指纹。我做到了，但问题是我想获得更高的位和列表格式，这样我就可以计算列表的长度。在这种情况下，我只是上课。使用pybel在python中有什么解决方案吗？我这样做了，但是当我写 len(fps[0]) 时出现错误

import pybel
smiles = ['CCCC', 'CCCN']
mols = [pybel.readstring("smi", x) for x in smiles]
fps = [x.calcfp() for x in mols]
print fps[0]

【问题讨论】：

你得到什么错误？你不只需要写len(fps)吗？
我在安装 OpenBabel 时遇到了一些问题。执行此操作时会出现什么错误？也许 __len__() 未定义 x.calcfp()-elements...
错误是：“指纹”类型的对象没有 len()

标签： python fingerprint fingerprinting openbabel pybel

【解决方案1】：

您可以对指纹对象使用函数fp。默认计算FP2指纹，长度为32。有代码，输出长度和bit-0

import pybel
smiles = ['CCCC', 'CCCN']
mols = [pybel.readstring("smi", x) for x in smiles]
fps = [x.calcfp() for x in mols]
print len(fps[0].fp)
print fps[0].fp[0]

结果：

32 
0

【讨论】：