如何在 macOS Sierra 10.12.3 上为 Python 3.6 安装 openbabel

Question

我正在使用 Python 编写一个脚本来处理我的博士期间的一些化学结构。我想为 python 安装 openbabel 库。我尽力了，但我无法在 Windows 上安装它。我之前在How do I install openbabel for Python 3.6 in Windows 10? 上发布了一个关于在 Windows 上安装它的问题，但找不到解决方案。该解决方案安装了库，但它不起作用并且无法连接到 SWIG。 不，我试图将它安装在我的办公室计算机上，这是过去 5 个小时的 mac，但我不知道发生了什么。 我尝试从 Opnbabel 的源代码安装它并将其与 python3 链接，但它出现了问题。 如果我使用以下命令：

cmake ../ -DPYTHON_BINDINGS=ON -DRUN_SWIG=ON

它成功地将它链接到我不想要的 Python 2.7。当我尝试以下选项时，它会给出如下所示的错误：

cmake ../ -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python3 -DPYTHON_BINDINGS=ON -DRUN_SWIG=ON

或

cmake ../ -DRUN_SWIG=ON -DPYTHON_EXECUTABLE=/usr/bin/python3 -DPYTHON_INCLUDE_DIR=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/include/python3.5m -DPYTHON_LIBRARY=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/lib/libpython3.5m.dylib -DPYTHON_BINDINGS=ON

在大量成功输出后，最后给出以下错误：

-- Found PythonInterp: /usr/bin/python3.6 (found version "1.4") 
-- Found SWIG: /usr/local/bin/swig (found version "3.0.12") 
-- Found SWIG: /usr/local/bin/swig (found suitable version "3.0.12", minimum required is "2.0") 
-- Found PythonLibs: /usr/local/Cellar/python3/3.6.0/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/libpython3.6m.dylib (found version "3.6.0") 
-- Python bindings will be compiled
CMake Error at scripts/CMakeLists.txt:120 (install):
install TARGETS given no LIBRARY DESTINATION for module target
"bindings_python".
CMake Error at scripts/CMakeLists.txt:123 (install):
install FILES given no DESTINATION!
CMake Error at scripts/CMakeLists.txt:126 (install):
install FILES given no DESTINATION!
-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/usr/local/Cellar/obabel/openbabel-master/ali/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/usr/local/Cellar/obabel/openbabel-master/ali/CMakeFiles/CMakeError.log".

我不确定为什么它将 Python 检测为 v1.4 -- Found PythonInterp: /usr/bin/python3.6 (found version "1.4") 而不是找到 v.3.5。 我也用 python 3.6 尝试了所有过程，但发生了同样的错误。我也在使用从 github 获得的 openbabel，据说它在以下帖子中使用这些命令：http://forums.openbabel.org/OpenBabel-for-Python-3-td4659432.html 但它也不起作用。 请帮助我，因为我需要这个模块来进行研究。 谢谢

Answer 1

我找到了解决方案。这是详细的解决方案：

1. 从原始源下载 Open Babel (https://github.com/openbabel/openbabel)

2. 解压并 cd 进入其中 (openbabel-master)

3. 创建一个目录“build”并 cd 进入。

4. 运行以下命令：

   cmake ../ -DPYTHON_EXECUTABLE=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin/python3 -DPYTHON_BINDINGS=ON -DRUN_SWIG=ON

   在上面的命令中，“-DPYTHON_EXECUTABLE”开关告诉它找到 Python3 解释器的路径。您可以在终端通过which python3查看。

5. make

6. make install

全部完成！ :)