从 terra 为 c 函数添加前缀答案

【问题标题】：Prefixing the c function from terra从 terra 为 c 函数添加前缀
【发布时间】：2021-03-15 13:49:27
【问题描述】：

在 R 中，我可以在函数前面加上它们所属的包的名称（例如，dplyr::select）。不过，我在使用 terra 包中的 c 执行此操作时遇到问题。我可以用base::c 做得很好（我应该这样做）：

base::c(1, 2, 3)
# [1] 1 2 3

但是，我在为terra 运行类似代码时遇到了问题：

# Dummy SpatRaster
foo <- terra::rast(matrix(1:9, ncol=3))

# Works fine
c(foo, foo) 

# Not so much
terra::c(foo, foo)
# Error: 'c' is not an exported object from 'namespace:terra'

我很困惑c 是不是terra 的导出函数，但我可以访问和使用它就好了......只要我不使用前缀。

问：有人能解释一下为什么会这样吗？我如何才能从terra 中明确引用c？

PS ?terra::c 提供了一个帮助页面，解释了 c 如何将 SpatRasterobjects 组合成一个新的 SpatRaster 对象，这向我表明，这个函数必须在terra 包。

【问题讨论】：

你试过terra:::c（未导出）吗？它不在包 NAMESPACE 文件中，表明它依赖于 S3/S4 机制。（我没有安装terra，否则我会自己测试。）（这似乎是一种S4方法，顺便说一句：github.com/rspatial/terra/blob/…）
@r2evans 也给出了一个错误，但出现了一个新错误：Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : object 'c' not found。
是的，这表明（对我而言）这是一种 S4（不是 S3）方法，与在代码中未找到 c.Spat* 一致（尽管我没有搜索所有文件）。 showMethods("c") 是否暗示它的存在？如果是这样，getMethod("c", "SpatRaster")（或任何它的签名）应该返回该函数，然后您可以将其分配给“常规”函数，或者（如果很少）立即与 getMethod(...)(1,2,3) 一起使用它。
你不需要直接引用c函数terra。我如何从文档中理解，c 函数是“S4 签名'SpatRaster' 方法”，这意味着它不是 terra 的新函数，它只是通过添加新签名来扩展现有的base::c 函数。您可以拨打base::c(foo, foo)，它工作正常。
showMethods("c") 显示x="SpatRaster" 和x="SpatDataSet"。谢谢，乔纳斯——我想我并没有真正意识到它是base::c 的扩展，但考虑到这种行为，这是有道理的。显然，我需要了解这些扩展是如何工作的。谢谢你们的帮助！

标签： r terra

【解决方案1】：

这是因为c 是一个“原始”函数——它们遵循自己的规则。一个包不能/不需要导入和导出它们

c
#function (...)  .Primitive("c")

情况并非如此，例如nrow

nrow
#function (x) 
#dim(x)[1L]
#<bytecode: 0x000000001662d228>
#<environment: namespace:base>

然后 terra 从中创建一个通用函数，并将其导出，以便您可以执行 terra::nrow()。

您的问题促使我对此进行了更多研究，我注意到在当前版本的 terra 中，如果您不使用 library(terra) 加载包，许多原始函数将不起作用。例如，你得到

foo <- terra::rast(matrix(1:9, ncol=3))
x <- c(foo, foo) 
max(x)
#Error in x@ptr$summary(fun, na.rm, .terra_environment$options@ptr) : 
#  trying to get slot "ptr" from an object of a basic class ("NULL") with no slots

我刚刚在开发版中修复了这个问题；并且使用该版本，上述返回

#class       : SpatRaster 
#dimensions  : 3, 3, 1  (nrow, ncol, nlyr)
#resolution  : 1, 1  (x, y)
#extent      : 0, 3, 0, 3  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs 
#source      : memory 
#names       : max 
#min values  :   1 
#max values  :   9

【讨论】：