Python netCDF4 - 向现有文件添加一个新变量并改变形状答案

【问题标题】：Python netCDF4 - adding a new variable to existing file with change in shapePython netCDF4 - 向现有文件添加一个新变量并改变形状
【发布时间】：2019-06-08 23:03:34
【问题描述】：

我有两个 netCDF 文件：file1.nc 和 file2.nc 唯一的区别是file1.nc 包含一个变量“rho”，我想将其附加到file2.nc，但要修改变量。原始file2.nc 中不包含“rho”。我正在使用 Python 模块 netCDF4。

import netCDF4 as ncd  
file1data=ncd.Dataset('file1.nc')

file1data.variables['rho']

<class 'netCDF4._netCDF4.Variable'> float64 rho(ocean_time, s_rho, eta_rho, xi_rho)
    long_name: density anomaly
    units: kilogram meter-3
    time: ocean_time
    grid: grid
    location: face
    coordinates: lon_rho lat_rho s_rho ocean_time
    field: density, scalar, series
    _FillValue: 1e+37 
unlimited dimensions: ocean_time 
current shape = (2, 15, 1100, 1000) 
filling on

所以 rho 的形状为 [2,15,1100,1000] 但在添加到 file2.nc 时，我只想添加 rho[1,15,1100,1000] 即仅第二个时间步的数据。这将导致 file2.nc 中的“rho”的形状为 [15,1100,1000]。但我一直无法这样做。

我一直在尝试这样的代码：

file1data=ncd.Dataset('file1.nc')
rho2=file1data.variables['rho']
file2data=ncd.Dataset('file2.nc','r+') # I also tried with 'w' option; it does not work
file2data.createVariable('rho','float64')
file2data.variables['rho']=rho2  # to copy rho2's attributes
file2data.variables['rho'][:]=rho2[-1,15,1100,1000] # to modify rho's shape in file2.nc
file2data.close()

我在这里缺少什么？

【问题讨论】：

对不起，我的意思是：所以 rho 的形状为 [2,15,1100,1000] 但在添加到 file2.nc 时，我只想添加 rho[1, :, :, :] 即只有第二个时间步的数据。
第二个文件中的变量和维度是什么？它们与file1相同吗？如果在 file2 中，您有数组形状 [15,1100,1000]，您应该挤压（使用模块 NumPy）尺寸，即 import numpy as np;file2data.variables['rho'][:]=np.squeeze(rho2[-1,15,1100,1000])

标签： python python-3.x netcdf4

【解决方案1】：

您尚未在第二个 netCDF 文件中指定变量 rho 的大小。

你正在做的是：

file2data.createVariable('rho','float64')

应该是这样的

file2data.createVariable('rho','float64',('ocean_time', 's_rho', 'eta_rho', 'xi_rho'))

【讨论】：