将定义半径的透明圆圈添加到R中的现有绘图

Question

我有一个带有 X 和 Y 坐标值的 data.frame。 X 轴是位置信息，Y 轴是对数比率值。这些点是基于对数比率值着色的（绿色 > 0.25、-0.25

圆形二元分割算法以对数比率分割变化，由水平蓝线表示。在附图中可以看到几个片段，大多数接近 log2 为 0。靠近图左端的是小的蓝色片段，log 值接近 0.58，还有一个小得多（几乎看不见，因为周围的红点) 对数值接近 -1 的蓝色段（图的右边缘）。我在另一个 data.frame 中有这些蓝色段的 x 和 y 坐标。我想实现以下目标

1) 在 -0.70 0.50 上方添加包围这些蓝色线段的圆圈。这有助于识别可能遗漏的小部分 2) 使用 alpha 值向这些圆圈添加透明颜色，以便看到蓝色段 3) 圆圈的大小取决于这些蓝色线段的宽度。

我也对在 -0.70 0.5 处高亮这些蓝色段的其他想法持开放态度。也许我应该禁止绘制找到这些蓝色段的点（绿色和红色）。我正在使用 R 来制作这个情节。感谢您的帮助。

这是使用的代码：有两个 df 对象。 df(X) 包含 Chr.no、Chr.Start、Chr.End 和 Log2。 df(Y) 类似，但 col.name 不同，例如 loc。开始，然后定位。结尾。而不是 Log2，它们有 seg.mean 值

for (i in 1:25)  {       # Plot each chromosome separately

  plot(X[which(X$Chr.No ==i),"Chr.Start"], X[which(X$Chr.No ==i),"Log2"], ylim=c(-4.0,4.0), col=X[which(X$Chr.No ==i),"Color"], pch=16, cex=0.4, ylab="Log2", xlab="Genomic Position", main= paste("KCL:180522_SS", "chromosome", i, sep=" "))
  abline(h=c(-1,0,log2(3/2)), lty=2, col="chocolate")
  xleft  = Y[which(Y$Chr.No ==i),"loc.start"]            # Left limit of the blue horizontal line
  xright = Y[which(Y$Chr.No ==i),"loc.end"]              # Right limit of the blue horizontal line
  ybottom= Y[which(Y$Chr.No ==i),"seg.mean"] - 0.010     # Adding thickness to the "seg.mean"
  ytop   = Y[which(Y$Chr.No ==i),"seg.mean"] + 0.010     # Adding thickness to the "seg.mean"
  rect(xleft=xleft, ybottom=ybottom, xright=xright, ytop=ytop, col="blue", border="blue")
}

@Dwin 是的，“Color”是“lightgreen”、“grey”和“red”的向量。这些是 plot(x,y) 中 pch=16 的颜色信息。我不想修改 pch=16 点。水平“蓝色”线段由“矩形”添加，它们跨越许多 pch=16 点。正如您所看到的，有许多“蓝色”段，一些非常小，一些长度很大，它们的 log2 值不同。这就是我想用一个填充的透明圆圈来绑定的。不是所有的“蓝色”段，而是只有“蓝色”段 0.25 0.25 的段。在这个图中，较小的“蓝色”部分靠近情节的边缘，因为它们很难被发现，我想用一个实心圆圈围绕它们来突出它们。如果我仍然不清楚，请告诉我。谢谢

Answer 1

（删除了基于对蓝点（实际上是段）构建方式的猜测的错误方法。）

编辑：使用新信息，我建议绘制普通的“点”，即在由 (xleft+xright)/2 形成的 x 向量和使用 ytop 的 y 向量处的空心圆（应该与ybottom) 用于满足您条件的选定 ytop 值。您将创建一个逻辑向量来选择这些向量中的每一个。所以：

selvec <- ytop < -0.70 | ytop > 0.5
points ( x= (xleft[selvec]+xright[selvec])/2, y= ytop[selvec], cex =1.5, col="blue")

如果您使用 rgb() 函数创建具有透明度的颜色，您也可以使用透明度：

points ( x= (xleft[selvec]+xright[selvec])/2, y= ytop[selvec], cex = 2, col=rgb(0, 0, 1, 0.3) )

.. 如果您的输出设备支持，应该给您透明的圆圈。