SRAtoolkit 在不使用主目录的情况下无法工作

【问题标题】：SRAtoolkit not working without using home directorySRAtoolkit 在不使用主目录的情况下无法工作
【发布时间】：2021-10-18 20:37:11
【问题描述】：

我正在使用 NCBI 的 SRAtoolkit 2.11.0 mac64。我刚刚使用vdb-config -i 成功配置了工具包，但如果我不在bins 文件中工作，我将无法访问任何命令，在每个命令之前使用./。这当然会覆盖我预先建立的文件路径以转储序列读取并将它们存放到 bin 文件中。

如何在不经常使用./ 的情况下使用 SRAtoolkit？

谢谢

【问题讨论】：

标签： ncbi

【解决方案1】：

如果有人遇到同样的问题，这是我的解决方案。我使用了 bioinfokit (pip install bioinfokit)。我的命令按顺序：

export PATH=$PATH:/filepath/sratoolkit.2.11.0-mac64/bin
source nucelotide_venv/bin/activate
python
from bioinfokit.analys import fastq
fastq.sra_bd(file='SRR-file.txt')
for f in SRR*; do fasterq-dump $ f; done

我知道它很笨重，但我是新手，它可以工作！

【讨论】：