改进 genbank 功能添加

Question

我正在尝试使用 biopython 将 70000 多个新功能添加到 genbank 文件中。

我有这个代码：

from Bio import SeqIO
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation

fi = "myoriginal.gbk"
fo = "mynewfile.gbk"

for result in results:
     start = 0
     end = 0

     result = result.split("\t")
     start = int(result[0])
     end = int(result[1])

     for record in SeqIO.parse(original, "gb"):
         record.features.append(SeqFeature(FeatureLocation(start, end), type = "misc_feat"))
         SeqIO.write(record, fo, "gb")

结果只是一个列表列表，其中包含我需要添加到原始 gbk 文件中的每个功能的开始和结束。

这个解决方案对我的电脑来说非常昂贵，我不知道如何提高性能。有什么好主意吗？

Answer 1

您应该只解析一次 genbank 文件。省略 results 包含的内容（我不确切知道，因为您的示例中缺少一些代码片段），我猜这样的事情会提高性能，修改您的代码：

fi = "myoriginal.gbk"
fo = "mynewfile.gbk"

original_records = list(SeqIO.parse(fi, "gb"))

for result in results:
    result = result.split("\t")
    start = int(result[0])
    end = int(result[1])

    for record in original_records:
        record.features.append(SeqFeature(FeatureLocation(start, end), type = "misc_feat"))
        SeqIO.write(record, fo, "gb")