按相关性对rentrez中的pubmed搜索进行排序

Question

我正在使用 R 中的 rentrez 包搜索 PubMed，并希望获得按相关性排序的结果。目前它们按发布日期排序。

library(rentrez)

query = 'regression to the mean[TITL]'
entrez_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
paper_data = entrez_summary(db="pubmed", id=entrez_search$ids)
dates = extract_from_esummary(paper_data, c("pubdate"))

Answer 1

据我了解，“相关性”信息与给定搜索相关联（不是记录摘要或稍后可能下载的完整记录），并且没有分数或类似信息说明给定搜索结果的相关性entrez search 返回的数据。

另一方面，我认为sort=relevance 参数正在做某事。如果您将相同的搜索发送两次，则 ID 的顺序相同：

default_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
default_search_again = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30)
all(default_search$ids == default_search_again$ids)

.

[1] TRUE

而将顺序设置为relevance 会更改顺序：

rel_search = entrez_search(db="pubmed", term=query, retmax=30, sort="relevance")
default_search$ids == rel_search$ids

.

 [1]  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE
[13] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE  TRUE FALSE FALSE  TRUE  TRUE  TRUE  TRUE
[25] FALSE FALSE  TRUE  TRUE FALSE FALSE

稍后对 summary、fetch 和 link 函数的调用应保持此顺序，因此这可能是跟踪相关信息的最简单（唯一？）方法？

Answer 2

extract_from_esummary 用于paper_data 概要并调用选定的参数。在您的情况下，它是pubdate。

当您检查 paper_data 的结构时，例如通过使用str(paper_data)，您会注意到可以作为extract_from_esummary 的第二个参数的元素，例如按 ISSN 排序：

issn <- extract_from_esummary(paper_data, c("issn"))

很遗憾，我看不到任何与相关性相似的内容。