从 R 中的 S4 类列表中提取和合并数据帧

Question

我有一个 S4 班级列表（称为 vi2）。这是它的第一部分：

• @variables：字符 [1:7]
• @vImplist：400 个列表
  • $1：具有 2 个插槽的正式类“.vImp”
    • @Variables：字符 [1:7]
    • @vImp: 'data.frame': 7 bs。 3个变量：
      • $variables:因子 w/ 7 个级别
        • $Ctest: num [1:7]
        • $Atest: num [1:7]
  • $2：具有 2 个插槽的正式类“.vImp”
    • @Variables：字符 [1:7]
    • @vImp: 'data.frame': 7 bs。 3个变量：
      • $variables:因子 w/ 7 个级别
        • $Ctest: num [1:7]
        • $Atest: num [1:7]

总共有 400 个“.vImp”类，它们都采用相同的格式。我正在尝试做的是提取 '@vImp: 数据。每个类的框架'并将它们合并到一个新的数据框中。我可以使用以下行单独执行此操作：

vic = as.data.frame(vi2@vImplist$'1'@vImp) 

这会生成具有该类正确信息的 data.frame。但是，当我尝试一次为所有 400 个类执行此操作时，它失败了。

vic = as.data.frame(vi2@vImplist$'1:400'@vImp) 

as.data.frame(vi2@vImplist$'1:400'@vImp) 中的错误： 试图从没有槽的基本类（“NULL”）的对象中获取槽“vImp”。

我也尝试使用循环来完成任务。但是，这也因同样的错误而失败：

for (i in seq(from = 1, to = 1, by = 1)) {
vic = as.data.frame(vi2@vImplist$'[i]'@vImp)
output <- rbind(newdf,vic)
}  

是否有人对可能出现的问题有任何建议？

Answer 1

根据给定的信息，vImplist 是一个包含 400 个条目的列表，因此您希望访问其中的每个条目。这些条目的名称为 '1'、...、'400'。因此，您的代码 vic = as.data.frame(vi2@vImplist$'1'@vImp) 有效。您通过名称引用列表条目（'1' 是一个字符）。当您使用'1:400' 或'[i]' 时，由于''，这也被解释为名称。因为这些 data.frames 不存在，所以返回 NULL，并尝试从中检索插槽“vImp”。这解释了您的错误消息。

您需要遍历列表的所有条目。最简单的方法是使用 lapply 执行此操作，它对列表的每个条目进行操作，您可以检索正确的插槽：

vic <- lapply(vi2@vImplist, function(x) {
  as.data.frame(x@vImp)
})

vic 现在是 data.frames 列表。如果将rbind 与do.call 一起使用，则可以直接使用data.frames 列表作为输入参数，因为do.call 接受参数列表：

output <- do.call("rbind", vic)

编辑

正如@Rui Barradas 所指出的，vImp 已经是一个 data.frame，所以你不需要as.data.frame。此外，您可以使用slot 直接访问插槽，并将访问的插槽的名称用作函数的进一步参数：

vic <- lapply(vi2@vImplist, slot, 'vImp')