多阶段 docker 构建失败，因为它在第一次构建时看不到 R答案

【问题标题】：Multi-stage docker build is failing because it can't see R from the first build多阶段 docker 构建失败，因为它在第一次构建时看不到 R
【发布时间】：2020-04-26 13:28:33
【问题描述】：

问题

我正在尝试创建一个多图像 Dockerfile，它首先提取生物导体图像，调用设置 R 脚本，然后提取 ubuntu 图像以安装与 python 相关的包。尽管我已将 R 保存到第一阶段构建的路径中，但在第二阶段构建之后似乎并没有保留它，因为当我调用入口点脚本 run_deseq2.py 时，它会显示：/bin/sh: 1: Rscript: not found。如何正确地将这两个阶段组合在同一个 dockerfile 中，以便它们仍然可以“看到”彼此？

Dockerfile

FROM bioconductor/release_base2

ADD src/setup.R /
RUN Rscript /setup.R

ENV PATH=/usr/local/bin/:$PATH

FROM ubuntu:19.04 

ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive  

WORKDIR / 

RUN apt-get update && \ 
    apt-get install -y \ 
        python-dev \ 
        python-pip \ 
        wget 

RUN pip install awscli boto3

COPY src/run_deseq2.py /
COPY src/s3_utils.py /
COPY src/job_utils.py /
COPY src/deseq2.R /
COPY src/ModelLoxTag.R /

ENV R_THREADS=30 

# Run docker, starting with run script
ENTRYPOINT ["python", "/run_deseq2.py"]

【问题讨论】：

标签： r docker bioconductor

【解决方案1】：

FROM bioconductor/release_base2 AS buidler
ADD src/setup.R /
RUN Rscript /setup.R
ENV PATH=/usr/local/bin/:$PATH

FROM ubuntu:19.04 
ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive  
WORKDIR / 
RUN apt-get update && \ 
    apt-get install -y \ 
        python-dev \ 
        python-pip \ 
        wget 
RUN pip install awscli boto3
COPY --from=builder src/run_deseq2.py /   #If you want to copy something from stage-1 use from 
COPY src/s3_utils.py /
COPY src/job_utils.py /
COPY src/deseq2.R /
COPY src/ModelLoxTag.R /
ENV R_THREADS=30 
# Run docker, starting with run script
ENTRYPOINT ["python", "/run_deseq2.py"]

我对 R 了解不多，因此无法对整个 docker 映像提供帮助，但您可以使用 AS 标记阶段，在另一个阶段您可以复制粘贴文件。

更多详情您也可以查看officeial dock：https://docs.docker.com/develop/develop-images/multistage-build/

【讨论】：