ESet 的子集/除 ESet

Question

是否可以像这样对 ExpressionSet 进行子集化：

SUB=ESet[,ESet@phenoData@data$x==c(0,1)]

X 中的值是 0-9，我只想要 x=0 或 x=1 时的条目。

Answer 1

尝试以下方法：

SUB=ESet[, ESet$x %in% c(0,1)]

乍一看，== 和 %in% 之间的区别似乎很微妙。

x <- 0:9

x[x==c(0, 1)]
[1] 0 1

> x[x %in% c(0, 1)]
[1] 0 1

但是%in% 永远不会返回NA，这可能很有用，甚至是必不可少的，这取决于你想要做什么。在以下构造示例中，== 返回 NA，而 %in% 返回预期结果：

x <- c(NA, 0:9)

x[x==c(0, 1)]
[1] NA

x[x %in% c(0, 1)]
[1] 0 1

但差异远不止于此。从 ?== 的帮助文件中可以明显看出，在对长度不等的向量进行二进制比较时，较短向量的元素会在必要时被回收。

试试下面的例子：

x <- 0:9
x[x==c(1, 2)]
integer(0)

这会产生一个空向量。如果你循环使用向量 c(1, 2)，很快就会明白为什么：

x:       0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
c(1, 2): 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2
'==':    F F F F F F F F F F