【问题标题】:Why I am getting error as "Error in mapIds(GeneCol) : could not find function "mapIds""为什么我收到错误为“mapIds(GeneCol)中的错误:找不到函数“mapIds””
【发布时间】:2021-06-14 23:38:20
【问题描述】:

我正在尝试使用大量基因符号来获取 Entrez ID。为此,我使用了“AnnotationDbi”、“org.Hs.eg.db”和“org_pkg”。

当我运行代码时

"geneIDs

我收到以下错误

ma​​pIds 中的错误(org.Hs.eg.db,keys = rownames(Genename1),column = type,: 找不到函数“mapIds”

如果您能帮助我解决这个问题,那就太好了。或者,您可以向我建议如何使用基因符号获得 Entrenz ID。提前谢谢!

最好的问候,比斯瓦

【问题讨论】:

    标签: r bioinformatics bioconductor ensemble-learning


    【解决方案1】:

    您是否加载了“org.Hs.eg.db”和 AnnotationDbi 包?

    library(org.Hs.eg.db)
    library(AnnotationDbi) 
    

    【讨论】:

    • 好的,谢谢!我做到了,这个问题已经解决了,但是,我收到一个新错误“testForValidKeytype(x, keytype) 中的错误:'keytype' must be a single string”
    • 这是因为 keytype 需要单个参数,您应该使用 keytype="SYMBOL" 运行代码
    • 感谢 Bastien 的帮助。我只是将因素转移到角色中,问题就解决了,现在我得到了我的 Entrez ID。 :)
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