在 ggcyto 图上设置 x-limits 似乎不起作用

Question

我正在尝试在 ggcyto(ggplot2) 图上设置 x 限制，但它似乎不起作用。我设置的 x 限制一直向右挤压，并且有很多空白空间。不知道还有什么可以尝试的。我尝试设置 biexp 比例，但看起来一样。

library(ggcyto)
library(ggplot2)
library(flowCore)

fs <- read.flowSet(fcs_files, path=(dir_path))


ggcyto(fs[[2]],
              aes(x = "FSC-A", 
              y = "SSC-A")  
              ) + 
  geom_hex(bins = 26) +
  xlab("") +
  ylab("") +
  theme(
    strip.text = element_text(size = 5),
  ) +
  scale_x_continuous(breaks = c(0, 18000), labels = function(x) formatC(x, format="e", digits =1), limits=c(0, 20000))) #+
  #scale_x_flowjo_biexp(maxValue = 20000, widthBasis = -10)  

添加limits=c(0, 20000) 给我这个警告：Warning message: Removed 14 rows containing non-finite values (stat_binhex).

Answer 1

没有您的数据，因此无法重现奇怪的轴。我会检查你的数据是否有负值。此外，ggcyto 包装器对您的限制有一些限制。

使用下面的示例数据，我将第一列“FSC”上的 2 个值设置为 -999，我得到了类似的错误：

library(ggcyto)
data(GvHD)
da = GvHD[[1]]
exprs(da)[1:2,1] = -999 
    
ggcyto(da, aes(x = `FSC-H`, y =  `SSC-H`)) +
geom_hex(bins = 50) +
scale_x_continuous(breaks =c(0,800),limits = c(0,2000))

还有错误：

警告消息：已删除 2 行包含非限定值 (stat_binhex)。

如果我删除带有负值的条目并使用ggplot2 而不是ggcyto，它可以工作

da = da[rowMeans(exprs(da[,1:2])>0) == 1,]

ggplot(da,aes(x = `FSC-H`, y =  `SSC-H`)) + 
geom_hex(bins=50) + 
scale_x_continuous(breaks =c(0,800),limits=c(0,1200))+
scale_fill_distiller(palette = "Spectral")

在您的示例中，您可以尝试以下操作：

da = fs[[2]]
da = da[rowMeans(exprs(da[,c("FSC-A","SSC-A")])>0) == 1,]

ggplot(da,aes(x = `FSC-A`,y = `SSC-A`)) + 
geom_hex(bins = 26) +
scale_x_continuous(breaks = c(0, 18000),limits=c(0, 20000)))