与 ComplexHeatmap 的聚类不一致？答案

【问题标题】：Inconsistent clustering with ComplexHeatmap?与 ComplexHeatmap 的聚类不一致？
【发布时间】：2018-11-22 13:22:36
【问题描述】：

因此，我尝试使用 Bioconductor 的 ComplexHeatmap 包为我的数据生成热图，但我得到的结果略有不同，具体取决于我是自己制作树状图，还是告诉 Heatmap 制作它。

包：

require(ComplexHeatmap)
require(dendextend)

数据：

a=rnorm(400,1)
b=as.matrix(a)
dim(b)=c(80,5)

如果我自己制作树状图：

d=dist(b,method="euclidean")
d=as.dist(d)
h=hclust(d,method="ward.D")
dend=as.dendrogram(h)

Heatmap(b,
    cluster_columns=FALSE,
    cluster_rows = dend)

与使用 Heatmap 进行聚类相比：

Heatmap(b,
    cluster_columns=FALSE,
    clustering_distance_rows = "euclidean",
    clustering_method_rows = "ward.D")

它们看起来非常相似，但它们会略有不同。

这对我的数据很重要。 Heatmap 的聚类最终以更好的方式组织了我的数据，但是，我也想通过 like cutree() 提取聚类项目的列表，但我认为我不能从 Heatmap 的聚类中提取它。

有人知道怎么回事吗？

【问题讨论】：

标签： r heatmap bioconductor

【解决方案1】：

树状图是相同的。唯一改变的是排序。您可以使用以下方法验证这一点：

hmap1 <- Heatmap(b,
                 cluster_columns=FALSE,
                 cluster_rows = dend)

hmap2 <- Heatmap(b,
                 cluster_columns=FALSE,
                 clustering_distance_rows = "euclidean",
                 clustering_method_rows = "ward.D") 

#Reorder both row dendrograms using the same weights:
rowdend1 <- reorder(row_dend(hmap1)[[1]], 1:80)
rowdend2 <- reorder(row_dend(hmap2)[[1]], 1:80)

#check that they are identical:
identical( rowdend1, rowdend2)
## [1] TRUE

ComplexHeatmap::Heatmap 函数有一个参数 row_dend_reorder，您应该检查它的默认值 TRUE。

【讨论】：