在 R studio 1.2.1335 和 macOS Sierra 10.12.6 中使用 BiocManager::install 安装“org.Hs.eg.db”时出现问题答案

【问题标题】：Problem with installing 'org.Hs.eg.db' using BiocManager::install in R studio 1.2.1335 & macOS Sierra 10.12.6在 R studio 1.2.1335 和 macOS Sierra 10.12.6 中使用 BiocManager::install 安装“org.Hs.eg.db”时出现问题
【发布时间】：2020-07-21 02:44:45
【问题描述】：

您好，我正在尝试在 R 第 I 部分（Coursera 课程）中进行探索性分析。我在 macOS Sierra 版本 10.12.6 上使用 RStudio 版本 1.2.1335。

我在输入“org.HS.eg.db”包时遇到问题：

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

当它尝试安装“org.Hs.eg.db”时，我进入控制台：

installing the source package ‘org.Hs.eg.db’
trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.9/data/annotation/src/contrib/org.Hs.eg.db_3.8.2.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 74892843 bytes (71.4 MB) ==================================================
downloaded 71.4 MB
* installing
*source
* package ‘org.Hs.eg.db’ ...
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location ** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (org.Hs.eg.db) The downloaded source packages are in ‘/private/var/folders/l6/kbsz4n314tdfcxphnmnj7nr80000gn/T/Rtmpb14l6K/downloaded_packages’

当我稍后尝试运行时：

chr = AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys=aeid,keytype="ENSEMBL",columns="CHR")

我进入控制台：

Error in AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, keys = aeid, keytype = "ENSEMBL", : object 'org.Hs.eg.db' not found

【问题讨论】：

标签： installation package bioconductor

【解决方案1】：

你先打电话给library(org.Hs.eg.db)了吗？

安装包是不够的。当您想使用包中的函数/对象时，您需要使用library() 在您的 R 会话中加载它：

library(org.Hs.eg.db)
chr <- AnnotationDbi::select(
  org.Hs.eg.db,
  keys = aeid,
  keytype = "ENSEMBL",
  columns = "CHR"
)

这应该可以工作，假设您安装了 AnnotationDbi 包并在您的 R 会话中定义了一个名为 aeid 的对象。

您可能想查看一些有关使用 R 和 R 包的教程，例如 this one。

与您的问题无关的补充说明：

请注意，RStudio 和 R 是 2 very different things。 RStudio 是一个 IDE，用于与 R 代码交互的软件。 R 是编程语言本身。因此，提及您使用的 R 版本 而不是 RStudio 版本更有意义。
在这种情况下，提及您正在使用的 BioConductor 版本可能也有意义（您可以通过BiocManager::version() 进行检查。
最好在 R 中使用<- 进行赋值（例如，您在示例中创建chr 的操作）。 = 通常保留用于指定函数参数

【讨论】：