getGEO(filename='') 导致“`.rowNamesDF<-`(x, value = value) 中的错误：'row.names' 长度无效”答案

【问题标题】：getGEO(filename='') leads to "Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : invalid 'row.names' length"getGEO(filename='') 导致“`.rowNamesDF<-`(x, value = value) 中的错误：'row.names' 长度无效”
【发布时间】：2021-11-13 18:06:51
【问题描述】：

我正在尝试使用 getGEO() 函数导入之前从 GEO 下载的文件，但是每次使用我的文件名尝试该函数时，都会遇到如下错误：

geo.getGEO.data <- getGEO(filename='GSE42394_series_matrix.txt')
# Rows: 29214 Columns: 25                                                                                                
# -- Column specification ------------------------------------------------------------
# Delimiter: "\t"
# dbl (25): ID_REF, GSM1150937, GSM1150938, GSM1150939, GSM1150940, GSM1150941, GS...
#
# i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
# i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.
# File stored at: 
# C:\Users\eemcn\AppData\Local\Temp\RtmpmkWS7R/GPL6247.soft
# Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : invalid 'row.names' length

我已经使用 Bioconductor 安装了 GEOquery。我的 Biocrates 已经过时了，所以我不得不更新它，然后在收到如下错误消息后，我不得不强制重新安装 GEOquery：

BiocManager::install("GEOquery")
# 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see
'?repositories' for details
#
# replacement repositories:
#     CRAN: https://cran.rstudio.com/
#
# Bioconductor version 3.13 (BiocManager 1.30.16), R 4.1.1 (2021-08-10)
# Warning message:
# package(s) not installed when version(s) same as current; use `force = TRUE` to
#   re-install: 'GEOquery' 
BiocManager::install("GEOquery", force = TRUE)
# 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see
# '?repositories' for details
#
# replacement repositories:
#     CRAN: https://cran.rstudio.com/
#
# Bioconductor version 3.13 (BiocManager 1.30.16), R 4.1.1 (2021-08-10)
# Installing package(s) 'GEOquery'
# trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.13/bioc/bin/windows/contrib/4.1/GEOquery_2.60.0.zip'
# Content type 'application/zip' length 13938121 bytes (13.3 MB)
# downloaded 13.3 MB
#
# package ‘GEOquery’ successfully unpacked and MD5 sums checked

其他一切都是最新的。我也尝试以管理员身份运行此代码。如果有帮助，我很乐意分享所提供的数据文件。

这是一个家庭作业，所以尽管我很欣赏其他加载此文件的方法的想法，但我需要使用 getGEO() 函数加载我的数据文件以提交此作业。谢谢！

【问题讨论】：

标签： r bioconductor

【解决方案1】：

Windows 机器的最新版 GEOquery 似乎存在问题：http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/GEOquery/

您现在可以使用旧版本的软件包，但我怀疑还需要使用旧版本的 Bioconductor。抱歉，如果这不是您现在正在寻找的答案。我遇到了同样的问题，无法解决。

希望它会尽快修复。

更新：

请点击此链接查看问题的解决方案：https://github.com/seandavi/GEOquery/issues/114

【讨论】：

我在装有 R 4.1.2 和 Bioconductor 3.13 的 Windows 10 机器上使用 GEOquery 2.61.0。由于某种原因，问题仍然存在。

【解决方案2】：

在与我的一些同事交谈后，我能够通过使用解决这个问题

geo.getGEO.data <- getGEO(filename='GSE42394_series_matrix.txt', AnnotGPL = TRUE)

【讨论】：

你也可以使用这个：code readr::local_edition(1) code 所以你可以使用旧版本。

【解决方案3】：

您可以随时从网站下载 series_matrix.txt 文件。

【讨论】：