BioMart：有没有办法轻松更改我所有代码的种类？答案

【问题标题】：BioMart: Is there a way to easily change the species for all of my code?BioMart：有没有办法轻松更改我所有代码的种类？
【发布时间】：2018-10-05 01:31:26
【问题描述】：

以下是我的一小部分代码：

library(biomaRt)

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                        dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                      filters = "biotype", 
                      values = "protein_coding", 
                      mart = ensembl_hsapiens)

paralogues[["hsapiens"]] <- getBM(attributes = c("external_gene_name",
                                                 "hsapiens_paralog_associated_gene_name"), 
                                  filters = "ensembl_gene_id", 
                                  values = c(ensembl_gene_ID) , mart = ensembl_hsapiens)

这段代码只允许我提取 hsapiens 的 paralogues，它有一种方法可以让我轻松获得 mmusculus（鼠标）和 ggallus（鸡）的相同信息，而无需使用类似的东西重写代码点按？我的代码比提供的 sn-p 长得多，我需要做的就是将单词 hsapiens 换成 mmusulus 和 ggallus。

【问题讨论】：

未测试，也许使用 paste 来创建数据集名称？ x <- "mmusculus"; myMart <- useMart("ensembl", dataset = paste0(x, "_gene_ensembl"))
我希望有一个包含所有物种名称的向量，例如all_species

标签： r bioinformatics bioconductor biomart

【解决方案1】：

简单的方法是将它全部包装在一个for 循环中：

library(biomaRt)

species <- c("hsapiens_gene_ensembl", "mmusculus_gene_ensembl", "ggallus_gene_ensembl")

for (s in species) {
tmp <- useMart("ensembl", dataset = paste0(s))
hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                          filters = "biotype", 
                          values = "protein_coding", 
                          mart = tmp)
paralogues[[s]] <- getBM(attributes = c("external_gene_name",
                                                 "hsapiens_paralog_associated_gene_name"), 
                                  filters = "ensembl_gene_id", 
                                  values = c(ensembl_gene_ID) , mart = tmp)
}

这应该可以，我没有测试它，因为我没有安装那些包。我更改了一些变量的名称以使其更有意义（例如tmp）

【讨论】：