【发布时间】：2019-09-01 12:17:39
【问题描述】：
我正在尝试从栅格堆栈中提取值并将其附加到现有数据框。这些值是一组指标（来自 r 包 SDMtools 的 PatchStat），我可以将其提取为列表格式，但我试图将这些值绑定到我现有的数据框。
输入数据：
library(sp)
library(sf)
library(raster)
library(dplyr)
library(SDMTools)
mydata <- read.table(header=TRUE, text = "
animal X Y ord.year
1 pb_20414 157978.9 2323819 2009168
2 pb_20414 156476.3 2325586 2009168
3 pb_06817 188512.0 2299679 2006263
4 pb_06817 207270.9 2287248 2006264")
# add rasters
s <- stack(system.file("external/rlogo.grd", package="raster"))
names(s) <- c('masie_ice_r00_v01_2009168_4km', 'masie_ice_r00_v01_2006263_4km', 'masie_ice_r00_v01_2006264_4km')
# Create sp object
projection <-CRS('+proj=stere +lat_0=90 +lat_ts=60 +lon_0=-80 +k=1 +x_0=0 +y_0=0 +ellps=WGS84 +units=m + datum=WGS84 +no_defs +towgs84=0,0,0') # matches MASIE raster
coords <- cbind(mydata$X, mydata$Y)
mydata.sp <- SpatialPointsDataFrame(coords = coords, data = mydata, proj4string = projection)
# Create sf object
mydata.sf <- st_as_sf(mydata)
mydata.buf30 <- st_buffer(mydata.sf, 30000)
我的目标是按日期 (mydata$ord.year) 将每个 GPS 点 (X,Y) 与正确的 GeoTIFF 匹配，将栅格裁剪为（空间明确的）30 公里缓冲区，在 R 的程序 SDMtools 中运行 PatchStat，以及将结果附加到原始数据框。问题是 PatchStat 结果是在数据框中提供的，因此我无法将这些结果与我现有的数据框匹配。
这是我运行 PatchStat 时提供的结果示例：
patchID n.cell n.core.cell n.edges.perimeter n.edges.internal area core.area perimeter
2 3 73 13 86 206 73 13 86
perim.area.ratio shape.index frac.dim.index core.area.index
2 1.178082 2.388889 1.430175 0.1780822
这是我目前能够做到的：
# separate date component of TIF name to correspond to mydata$ord.year
stack <- list()
date<-vector()
for (i in 1:length(rasterlist)) {
stack[[i]]<-raster(rasterlist[i])
tt<-unlist(strsplit(names(stack[[i]]), "[_]"))
date[i]<-tt[which(nchar(tt)==max(nchar(tt)))]
}
st <- stack(stack) # Create rasterstack object
# crop raster to buffer
mydata.sp <- as(mydata.sf, 'Spatial') # back to sp object
# pull raster data from GeoTIFF that corresponds to ordinal date
pat <- list()
for (i in 1:nrow(mydata.sp)) {
st2<-st[[which(date==mydata.sp$ord.year[i])]]
GeoCrop <- raster::crop(st2, mydata.sp[i,])
GeoCrop_mask <- raster::mask(GeoCrop, mydata.sp[i,])
pat[[i]] <- PatchStat(GeoCrop_mask)}
此外，我已经消除了两种土地覆盖类型中的一种，因此列表中的每个元素只有一行：
pat2 <- lapply(pat, `[`, -1,) # remove first row in each list element so only one row remains (using program plyr for R)
现在，我想将这些行与我的原始数据框匹配，以便像这样将pat2[[1]] 附加到mydata.sp[1,]（假设 a、b 和 c 是我原始 SpatialPointsDataFrame 中的元数据列）。我想添加 PatchStat 中的所有数据列，但为了节省时间和空间，我只包括前三个：
a b c PatchID n.cell n.core.cell
1 2 3 3 73 13
注意：如果可能，我希望将整个过程包含在for 循环中，以最大程度地减少错误空间和处理时间。
非常感谢！
【问题讨论】：
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这很简单，但与所有 R 问题一样，您需要提供一些代码和简单的示例数据（由代码或从 R 包创建）才能回答。
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facepalm，这里是菜鸟。我已经进行了相应的编辑。