替换字符串在 GNU 并行中不起作用

Question

我有脚本run_md.py，它从名为test.pdb 的输入文件生成文件test.dcd。 我想使用 GNU 并行对远程服务器上的多个输入文件 (test*.pdb) 执行相同的命令，并将结果传输回本地计算机。因此，我使用以下命令：

parallel --trc {.}.dcd -j 2 -S $SERVER1 './run_md.py {} 1000' ::: test*.pdb

该命令在使用 2 个插槽的服务器上按预期运行。但是，文件没有传回，我收到以下错误：

rsync: link_stat "/home/bougui/{.}.dcd" failed: No such file or directory (2)
rsync error: some files/attrs were not transferred (see previous errors) (code 23) at main.c(1655) [Receiver=3.1.1]

看起来替换字符串不起作用。我怎样才能让它工作？

下面是parallel --version的输出：

GNU parallel 20130922
Copyright (C) 2007,2008,2009,2010,2011,2012,2013 Ole Tange and Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>
This is free software: you are free to change and redistribute it.
GNU parallel comes with no warranty.

Web site: http://www.gnu.org/software/parallel

When using GNU Parallel for a publication please cite:

O. Tange (2011): GNU Parallel - The Command-Line Power Tool, 
;login: The USENIX Magazine, February 2011:42-47.

Answer 1

您所做的事情是 100% 正确的。因此，您系统上的某些东西正在破坏这一点。请在另一个系统上尝试此操作，如果可能，请关注来自man parallel 的报告错误。

Answer 2

该线程中报告的错误已得到修复，此功能适用于最新版本的 GNU 并行 (20160622)。与 Debian 8.5 一起打包的 GNU 并行版本 20130922 对于 {.} 字符串替换的使用存在错误，如下所述：

经过更多测试，我发现输出文件必须在并行运行的命令中用替换字符串指定。

出于测试目的，您可以在下面找到其他人可以运行的完整示例：

echo This is input_file > input_file && parallel --trc {}.out -S $SERVER1 cat {} ">"{}.out ::: input_file

上面的例子效果很好。当我使用替换字符串{.} 如下：

echo This is input_file > input_file.in && parallel --trc {.}.out -S $SERVER1 cat {} ">"{.}.out ::: input_file

它也有效。但是，如果我没有在并行运行的命令中指定{.}.out，如下所示：

echo This is input_file > input_file.in && parallel --trc {.}.out -S $SERVER1 cat {} ">"input_file.out ::: input_file

...我重现错误：

rsync: link_stat "/home/bouvier/{.}.out" failed: No such file or   directory (2)
rsync error: some files/attrs were not transferred (see previous errors) (code 23) at main.c(1655) [Receiver=3.1.1]
rsync: [Receiver] write error: Broken pipe (32)

因此必须在并行运行的命令中指定输出文件。