如何将当前文件位置设置为R编程中的默认工作目录？答案

【问题标题】：How to set the current file location as the default working directory in R programming?如何将当前文件位置设置为R编程中的默认工作目录？
【发布时间】：2016-05-06 14:54:14
【问题描述】：

我想将当前文件位置作为工作目录。

使用 Rstudio（有效！）：

# Author  : Bhishan Poudel
# Program : writehere.r
# Source  : Rscript writehere.r

# set working directory here
this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile) # frame(3) also works.
setwd(this.dir)

# Sample data to test this code
mydata <- seq(1:10)
write.csv(mydata,"writehere.dat")
#This works flawlessly in  MacOS 10.9 and Ubuntu 15.1.

从终端使用命令：Rscript writehere.r（不起作用！）

Error in dirname(parent.frame(2)$ofile) : 
  a character vector argument expected
Execution halted


------------------
(program exited with code: 1)

从终端使用命令：Rscript writehere.r（现在可以使用！）

# Author  : Bhishan Poudel
# Program : writehere.r
# Source  : Rscript example.r

# set working directory here
this_dir <- function(directory)
setwd( file.path(getwd(), directory) )

# Sample data to test this code
mydata <- seq(1:10)
write.csv(mydata,"writehere.dat")

在 Rstudio 中使用 ~/.Rprofile 中的函数（有效！）：，

##############################################
# inside ~/.Rprofile
# set up working directory
setwd_thisdir <- function () {
  this.dir <- dirname(parent.frame(3)$ofile)
  setwd(this.dir)
} 
##############################################

然后，在任何目录中，假设我有一个文件 writehere.r，现在它可以工作了。

# Author  : Bhishan Poudel
# Program : writehere.r
# Compile : Rscript writehere.r

# set working directory here
setwd_thisdir

# Sample data to test this code
mydata <- seq(1:10)
write.csv(mydata,"writehere.dat")

问题： 为什么函数

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile) # frame(3) also works.
setwd(this.dir)

不适用于 Rstudio 以外的文本编辑器？

一些有用的链接如下：
R setting working directory to source file location?
R command for setting working directory to source file location
get filename and path of `source`d file
setwd() in the current working dir
Command for "Set working directory to source file location"
SublimeText and R: Setting Current File Directory
@987654327 @
What is a fool-proof way of permanently setting R working directory?
R setting working directory to source file location?
How to get into the directory of a file in R?

【问题讨论】：

什么是class(parent.frame(2)$ofile)？
@MichaelChirico 我不知道，我听从了链接stackoverflow.com/questions/34843889/…的建议
添加行 print(class(parent.frame(2)$ofile)) 并尝试运行您的函数。l
@MichaelChirico 的答案是“NULL”
为了澄清，这里的所有方法只适用于sourced 或传递给RScript 的文件。似乎无法确定当前逐行运行的文件（或该文件的目录）（Ctrl+R）。 R应该怎么知道？在这种情况下，代码逐行传递给解释器——不涉及文件。但是，RStudio 知道哪个文件当前处于活动状态，但恕我直言，目前没有办法利用它。

标签： r setwd

【解决方案1】：

尝试在你的函数中使用parent.frame(3)：

setwd_thisdir <- function () {
  this.dir <- dirname(parent.frame(3)$ofile)
  setwd(this.dir)
}

请参阅?parent.frame 或http://adv-r.had.co.nz/Environments.html#calling-environments。

您还可以查看 source 函数 (?source) 的 chdir 选项。

【讨论】：

【解决方案2】：

更新：我意识到这个答案根本没有帮助，我将发布另一个可以解决问题的答案。

只要您要运行的代码不需要任何额外的参数，使用eval(expr, envir) 的解决方案如下图所示。

考虑以下使用print(environment()) 的示例，在命令行上使用时应返回environment: R_GlobalEnv。函数test_1 将打印有关调用该函数时创建的内部环境的信息，而函数test_2 将返回所需的结果。

test_1 <- function(){
     print(environment())
}

test_2 <- function(){
    .expr <- quote({
        print(environment())
        })
    .envir <- sys.frame(which = -1)
    eval(expr = .expr,
         envir = .envir)
}

sys.frame(which = -1) 确保在调用函数的环境中计算表达式。如果你确定你总是想使用全局环境，那么最好使用.GlobalEnv。引用您要使用的表达式也很重要，否则它可能无法按预期工作。

此解决方案的一个不错的特点是您无需调整要放入函数的代码，只需引用它即可。

最后：可以扩展这种方法，以便您的函数可以接受参数，然后将这些参数提供给您要在另一个环境中评估的代码。但是，这将需要对您要评估的表达式进行一些重要的调整；您可能需要使用 bquote + .() 构造 - 您可能还需要使用 call 和 do.call。

【讨论】：

【解决方案3】：

我给出的第一个答案完全没有抓住重点，因为我没有仔细研究你想要达到的目标。解决方案然而，这里介绍的应该可以解决问题。

首先注意source 有一个参数chdir，在帮助文件中描述为：logical;如果TRUE和file是路径名，则将R工作目录临时更改为包含file的目录进行评估。

每次要获取文件时手动指定该参数会很痛苦，所以让我们在 .Rprofile 中添加一些东西来改变 chdir 的默认值从 FALSE 到 TRUE。

formals-函数可用于修改默认值值，但是当用于属于其他某个函数的函数时环境，结果将是创建函数的本地副本。这还不够好。

可能有几种方法可以解决这个问题，但以下当我将 source 插入到 .Rprofile 中时，source 的小技巧对我起到了作用。

.temporary_copy_source <- base::source
formals(.temporary_copy_source)$chdir <- TRUE
utils::assignInNamespace(
    x = "source",
    value = .temporary_copy_source,
    ns = environment(source))
rm(.temporary_copy_source)

警告：这里介绍的方法原则上可以允许用户修改任何参数的默认值功能，但这将是一个非常糟糕的主意。保持请记住，您的脚本稍后可能会与某人共享与您拥有的 .Rprofile 不同。 永远不要写需要对命名空间进行此类修改的代码！

【讨论】：

【解决方案4】：

我写了另一个答案，因为你改变了你的问题。有两个有用的事实：

ofile是source函数环境中的一个变量，所以只有在运行一些带有source函数的脚本时才能使用它。
当您从终端运行脚本时，工作目录将设置为终端中的当前目录。

所以，评论你的观察：

使用 Rstudio（有效！）。如果您按 Source（使用 source 函数），则可以，但如果您按 Run（仅在 R 控制台中运行命令），则不会。
Rscript writehere.r（不起作用！）。那是因为您正在寻找 ofile 而没有致电 source。
Rscript writehere.r（现在可以使用！）。是的，但它只适用于事实 2：代码 this_dir <- function(directory) setwd( file.path(getwd(), directory) ) 是不必要的，因为它只是一个名为 this_dir 的函数的定义。
Rstudio（工作！）。第一部分：好的。第二部分。它只适用于事实 2。特别是setwd_thisdir 是不必要的，因为它只是将setwd_thisdir 的正文打印到控制台。

总而言之，setwd(dirname(parent.frame(2)$ofile)) 是一个有用的技巧，当您使用 source 函数获取脚本但无权访问 source 函数选项时：例如当您在 R-Studio 中按 Source 时。如果可能，请使用 source 函数和 chdir=TRUE。如果您从终端运行脚本，只需将终端设置为脚本文件夹即可。

【讨论】：

【解决方案5】：

很简单，使用rstudio API，解压其目录，设置为工作目录，如下图：

setwd(dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path))

通过以下命令验证你是否正确设置了目录：

getwd()

【讨论】：