R ODBC DBI 错误：数据库不存在

Question

我正在使用 Mac 并尝试连接到 R Studio 中的远程 Postgres 数据库。

错误

一、报错：Error: nanodbc/nanodbc.cpp:1021: 00000: FATAL: database "db_name" does not exist

采取的步骤

我首先使用自制软件安装了必要的依赖项：

brew install unixodbc

brew install psqlodbc

然后设置我的 .ini 文件以包含以下内容：

odbcinst.ini:

[PostgreSQL Driver]
Driver          = /usr/local/lib/psqlodbcw.so

odbc.ini:

[PostgreSQL]
Driver              = PostgreSQL Driver
Database            = test_db
Servername          = localhost
UserName            = postgres
Password            = password
Port                = 5432

在 R 中，运行以下行来检查我的驱动程序是否安装正确，会产生预期的结果：

> odbc::odbcListDrivers()
               name attribute                       value
1 PostgreSQL Driver    Driver /usr/local/lib/psqlodbcw.so

然后我尝试连接到数据库（实际名称/主机/密码已更改），然后会产生数据库“不存在”的错误。所有参数都是正确的，所以我不确定发生了什么。会不会是我在服务器端设置的某种防火墙/ssh 保护？任何帮助将不胜感激，我只是一个谦虚的生物学家，在这里有点超出我的深度。

> con <- dbConnect(odbc::odbc(),
+                  driver = "PostgreSQL Driver",
+                  database = "db_name",
+                  uid = "db_user",
+                  pwd = "db_pass",
+                  host = "123.456.78.910",
+                  port = 5432)
Error: nanodbc/nanodbc.cpp:1021: 00000: FATAL:  database "db_name" does not exist

Answer 1

首先，您的 pg 数据库似乎在您的 Mac 上是本地的（本地主机，对我来说也是），然后您不必在 R 中指定您的 IP。

如果你输入这个会发生什么？因为您的 db_test / db_name 的 DSN 实际上是 [PostgreSQL] (.odbc.ini)。

library(DBI)
con_odbc_to_db_name <- dbConnect(odbc::odbc(), "PostgreSQL")

或者如果它不起作用，可以使用“db_name”、“db_test”/“test_db”进行相同的测试。但我认为您的问题只是 odbc.ini 中的“PostgreSQL”名称。

关于这个问题的更完整的答案，并做一个记事本。

Mac 上的 PostgreSQL odbc 和 DSN 定义。

对于odbc，有两个文件：

• odbcinst.ini 在 /usr/local/etc/odbcinst.ini 中指定驱动程序名称（您选择）
• .odbc.ini 在您的 $HOME (~) 中，第一次创建以指定数据源名称 (odbc DSN)

纳米 /usr/local/etc/odbcinst.ini

您必须在某处正确指明驱动程序名称 ODBC（并在 .odbc.ini 之后使用它）。

有关 Mac 上此设置的完整概述，有一篇关于这些 odbc/obdcinst 的非常好的博文，请参阅 here。

您将看到在 odbcinst.ini 文件和 .odbc.ini Driver = ... 中为您的 DSN 指定的驱动程序之间有一致的 [Driver]

# nano  /usr/local/etc/odbcinst.ini
[PostgreSQL Unicode]
Description     = PostgreSQL ODBC driver (Unicode version)
Driver          = psqlodbcw.so
Debug           = 0
CommLog         = 1
UsageCount      = 1

捕获：

纳米~/.odbc.ini

使用 DBI/odbc 包，您可以在 .odbc.ini 中为每个数据库传递连接参数，例如：

请注意，您必须将您的数据库名称放在每个定义开头的 [...]（ODBC 数据源名称）中。

# .odbc.ini contains:
[db_name]
Driver      = PostgreSQL Unicode
ServerName  = localhost
Port        = 5432
Database    = db_name
Username    = usr
Password    = pwd
Protocol    = 13.0.3
Debug       = 1

[db_test]
Driver      = PostgreSQL Unicode
ServerName  = localhost
Port        = 5432
Database    = db_test
Username    = usr
Password    = pwd
Protocol    = 13.0.3
Debug       = 1

在 RStudio 中测试连接

然后您的数据库将像这样出现在 Rstudio 连接窗格中，对我来说，我的数据库在这里是“pmsi”而不是“db_name”。

之后，要在 R 中连接，就更简单了：您只需在此窗口中单击 db_name 行，或者更准确地说，输入以下内容：

library(DBI)
con_odbc_to_db_name <- dbConnect(odbc::odbc(), "db_name")

关于 RPostgres 包

但是我个人发现使用odbc/DBI dbWriteTable 在pg 中编写大表（多行，多列）有点慢。为此，我使用 RPostgres 包，它使用 \COPY 来“批量”插入原始数据：

con_to_db_name <- RPostgres::dbConnect(RPostgres::Postgres(), "db_name")
# change default schema after that if neeeded
DBI::dbSendQuery(cidd2, "SET search_path = db_preferred_schema, public;")

然后使用来自RPosgres的好的dbWriteTable：

RPostgres::dbWriteTable(con_to_db_name,  "db_table_a", table_a, append = TRUE)