R，GenomicRanges：找到重叠基因组范围的宽度

Question

给定两个 GenomicRanges，例如：

library(GenomicRanges)

gr1 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("1","1","2","2"),
      start = c(10,50,10,50),
      end = c(20,60,20,60)
    )
  )

gr2 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("2","2","3","3"),
      start = c(15,40,10,50),
      end = c(25,55,20,60)
    )
  )

我需要找到重叠段的重叠大小（宽度）。在我的情况下，这将是 5（对于 gr1[3] 和 gr21）和 5（对于 gr[4] 和 gr2[2]）。在命中类上使用ranges() 给出here 的解决方案不适合GenomicRanges 类（似乎）：

mm <- findOverlaps(gr1,gr2)
ranges(mm,gr1,gr2)

.local(x, ...) 中的错误： “查询”必须是长度等于查询数的范围

有人希望GenomicRanges::subsetByOverlaps() 有一个参数，可以从字面上切分并返回重叠部分。

更新（见下文）：解决方案在包本身中，GenomicRanges::intersect()，所以：

width(intersect(gr1, gr2))

Answer 1

GenomicRanges 包似乎有一个特定的功能，intersect()。所以解决方案相当简单：

width(intersect(gr1, gr2))

[1] 6 6

（这是正确的）