整洁：物种形成

Question

我试图自己实现整洁，使用原始论文但卡住了。

假设在上一代我有以下物种：

Specie 1:     members: 100    avg_score: 100
Specie 2:     members: 150    avg_score: 120
Specie 3:     members: 300    avg_score: 50
Specie 4:     members: 10     avg_score: 110

我现在对下一代的尝试。如下：

1. 从每个物种中移除每个基因组，但一个随机基因组除外。
2. 将每个基因组放入物种中/也许创造一个新的

3. 将该物种的得分设置为该物种中每个基因组得分的平均值。

   4.1 通过杀死每个物种中最差的 90% 进行繁殖。

   4.2 根据他们的分数选择一个物种。

   4.3 从那个物种中，选择 2 个基因组并繁殖一个新的基因组。

我不确定这是否是正确的尝试，尤其是当我“杀死” 90% 的基因组时。 这个百分比值是我现在随机选择的（这只是概念）。

如果一个物种，在杀死之后，有 0 个成员。然后它就灭绝了吗？

在我给出的例子中，如果我杀死 90%，Specie 4 很可能会灭绝。

我的尝试是否正确，或者一个物种通常是如何灭绝的？

Answer 1

首先，我强烈建议不要尝试从头开始实施 NEAT。这是一件比最初看起来要复杂得多的事情（请随意查看许多可用实现的公共存储库）。

现在，更具体地回答您的问题：

NEAT 有多种口味。就您而言，您的疑虑似乎与精英主义的概念有关，是的，这通常是您需要自己设置的参数。通常该算法是这样工作的：

1. 物种基因组。也就是说，将它们排列成给定数量的物种，使它们彼此更接近（例如，k-means 物种形成）。
2. 选择精英。您从每个物种中保留给定数量或百分比的个体，并将它们传递给新一代。根据您如何应用这一点，每个物种中总会有至少一名成员存活下来！
3. 根据适应度（也许还根据物种的适应度）选择用于繁殖的基因组。这也允许不同的特定实施风格。
4. 复制。有无性繁殖（所选基因组的变异）和有性繁殖。有性生殖的工作原理是从两个父母那里获取基因（同样，不同的实现方式），然后突变一些。有种间和种内的有性生殖（是来自同一物种或来自不同物种的另一亲本），但您可以随意禁用任何一种。
5. 重新评估后代（设置新的适应度值）。
6. 物种形成。

请注意，物种形成会定期重新应用（通常是每一代），因此物种并没有真正的明确定义（没有什么能真正阻止精英基因组，原封不动地复制到下一代，分配给新物种)。

如果您使用固定的种群规模和 k 均值物种形成，那么无论如何都会有 k 个物种。从某种意义上说，它们每一次迭代都是新物种。