adehabitatHR locoh.k 孤儿洞答案

【问题标题】：adehabitatHR locoh.k orphan holesadehabitatHR locoh.k 孤儿洞
【发布时间】：2019-02-03 20:27:06
【问题描述】：

我正在尝试使用AdehabitatHR LoCoH.k.area 优化 k 参数，当拓扑结构无法生成多边形时它会停止运行。消息是：

rgeos_PolyCreateComment：孤立洞，找不到包含多边形用于索引 12 处的孔。

我已经使用 LoCoH.k 完成了许多成功的单次运行，只有少数由于孤立洞而没有运行。

是否有可能让LoCoH.k.area 循环遍历向量中指定的 k 个值，即使先验产生了一个孤立洞？

谢谢，珍妮

【问题讨论】：

请提供一个可重现的例子
欢迎来到SE，能否提供您的数据和代码，这会引发错误。

标签： r adehabitathr

【解决方案1】：

您不能将LoCoH.k.area 函数包装在tryCatch 中。例如。带有krange = 5:9 参数的函数抛出：

rgeos::createPolygonsComment(oobj) 中的错误： rgeos_PolyCreateComment：孤立洞，找不到包含多边形对于索引 6 处的孔

请看下面的代码：

library(adehabitatHR)
data(puechabonsp)
locs <- puechabonsp$relocs

## The call below throws an error
## LoCoH.k.area(locs[, 1], krange = 5:9)

pdf()
y <- sapply(5:9, function(x) tryCatch(
  expr = cbind(LoCoH.k.area(locs[, 1], krange = x), k = x), 
  error = function(e){}, 
  finally = NULL))

dev.off()
do.call(rbind, y)

输出：

     Brock    Calou     Chou     Jean k
1 25.21552 38.61693 83.37389 80.97771 8
2 27.37161 39.10789 86.45349 83.44156 9

【讨论】：

谢谢阿特姆。我休假一个月，所以当我回来时会尝试你的建议。再次感谢。