【问题标题】：Configure error in rgdal "gdal-config"rgdal“gdal-config”中的配置错误
【发布时间】：2018-07-18 00:32:16
【问题描述】：

我目前正在 Linux 集群上的 R 中运行一些物种分布建模和丰富度映射。为了运行我的分析，我需要安装 rgdal 以便我的建模包中的光栅功能正常工作。我已经安装了 proj4 和 gdal。但是，当我尝试安装 rgdal 时，我收到一条错误消息：

checking for gdal-config... no
no

configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package 'rgdal'

这是我用来安装 rgdal 包的命令：

install.packages("rgdal", configure.args=c("--with-proj-include=/home/nikhail1/bin/proj-4.9.2/bin", "--with-proj-lib=/home/nikhail1/bin/proj-4.9,2/lib"))

尽管出现 gdal-config 错误，gdal 似乎已安装到我的本地系统上（二进制和库文件夹存在于我安装它们的地址中）。在 gdal 安装过程中我也没有看到任何错误消息。为什么会出现这个错误？如何让 R 识别已安装此依赖项，或者如果确实存在问题，我如何识别它？我在网上找到的大多数解决方案都特定于我没有使用的 Debian 和 Ubuntu 系统。我无权使用 sudo apt-get 或 yum 命令。因为我只安装了 proj 4.9.2，所以我缺少 gdal 的任何依赖项吗？

我是 linux 系统以及 rgdal 和 gdal 包的新手。

非常感谢您的帮助

亲切的问候，

尼哈伊尔

【问题讨论】：

标签： r linux installation gdal rgdal

【解决方案1】：

在 Linux 上的 R 中安装 RGDAL

在 R 中运行此命令：

# install package from CRAN
# but specify the library director
# the download method
# and the configuration arguments
# to allow for source installs
install.packages( pkgs = "rgdal"
                    , lib = "./R_Packages"
                    , method = "curl"
                    , configure.args = c(
                                   "--with-gdal-config=/Library/Frameworks/GDAL.framework/Programs/gdal-config"
                                   , "--with-proj-include=/p/home/bin/proj4/include"
                                   , "--with-proj-lib=/p/home/bin/proj4/lib"
                                     ) 
      )

答案来自交叉引用Errors installing rgdal on LINUX system? 和Trouble installing rgdal。

【讨论】：

感谢您的建议，但是我所在的系统不允许我使用 sudo apt-get 命令安装软件，因为我不在 Ubuntu 上。此外，由于文件夹存在于我的存储库中，我似乎已经安装了这两个软件（proj4 和 gdal）。但是我仍然得到一个 gdal-config 错误，这令人费解。
非常感谢有抱负的urbandatascientist。你的建议离我们不远了。我还必须在 install.packages 命令中包含 gdal 配置文件的路径
@NikhailArumoogum，太棒了。您介意分享您使用的确切命令吗？一旦你这样做了，我会更新我的答案以反映对你有用的命令。
install.packages("rgdal", configure.args=c("--with-proj-include=/home/nikhail1/bin/proj-4.9.2/bin", "--with-proj-lib=/home/nikhail1/bin/proj-4.9,2/lib", "--with-gdal-config=home/nikhail1/bin/gdal/bin"))

【解决方案2】：

我可以通过首先通过终端安装“gdal”和“proj”库来解决 CentOS 7 系统上的类似问题-

sudo yum install gdal*
sudo yum install proj*

然后在install.packages命令中设置configure参数如下-

install.packages( pkgs = "rgdal", 
                         configure.args = c("--with-proj=/bin", "--with-gdal=/bin"),
                         dependencies=TRUE)

在这种情况下，'gdal' 和 'proj' 库都安装在 root/bin 文件夹中。虽然错误输出打印了“gdal-config not found”，但最后不需要配置文件。

【讨论】：

【解决方案3】：

所以我终于通过在install.packages命令中添加gdal-config文件的目录解决了这个问题。

非常感谢您的帮助，尼哈伊尔

【讨论】：

【解决方案4】：

我按照以下步骤操作：

我通过 Anaconda 安装了 python；
在我打开 Linux 终端并运行 sudo apt install libmysqlclient-dev 之后；
然后我运行 sudo apt-get install gdal-bin proj-bin libgdal-dev libproj-dev;
最后，我在 R install.packages("rgdal"); 上运行了

【讨论】：

【解决方案5】：

对于基于 Arch 的发行版，只需使用 pamac 或 添加/删除软件 安装 gdal，然后再尝试根据 R 中的 rgdal 进行任何安装。 p>

【讨论】：