如何修复此错误“rep 中的错误（是，length.out = len）：尝试复制 'S4' 类型的对象”答案

【问题标题】：how to fix this error "Error in rep(yes, length.out = len) : attempt to replicate an object of type 'S4'"如何修复此错误“rep 中的错误（是，length.out = len）：尝试复制 'S4' 类型的对象”
【发布时间】：2019-12-01 08:47:12
【问题描述】：

我有 2500 个栅格数据，每个栅格可以包含 1 层或 2 层或 3 层。问题是需要选择每个栅格的最佳图层（该图层包含最小 NA 值），我想为此目的使用 R。样本数据（包含 4 个栅格文件）上传here：第一步，我想从仅包含 3 个图层的栅格文件中选择最佳图层。我使用此代码：

list_files <- list.files(pattern = ".tif")
file_name <- paste0("best_layer" , list_files)
library(raster)

for(i in 1:length(list_files)){
  r <- stack(list_files[i])
  len <- nlayers(r)
  if(len!=3)
    next
  r_1 <- sum(is.na(as.matrix(r[[1]])))
  r_2 <- sum(is.na(as.matrix(r[[2]])))
  r_3 <- sum(is.na(as.matrix(r[[3]])))
  ifelse((r_1 < r_2 & r_1 < r_3),print("layer1"),
         ifelse((r_2 < r_1 & r_2 < r_3)
                ,print("layer_2")
                ,print("layer_3")))
}

结果是：

[1] "layer_1"
[1] "layer_1"
[1] "layer_2"
[1] "layer_2"

但是当我更改 ifelse 以编写最佳栅格图层时，喜欢此代码：

for(i in 1:length(list_files)){
  r <- stack(list_files[i])
  len <- nlayers(r)
  if(len!=3)
    next
  r_1 <- sum(is.na(as.matrix(r[[1]])))
  r_2 <- sum(is.na(as.matrix(r[[2]])))
  r_3 <- sum(is.na(as.matrix(r[[3]])))
  ifelse((r_1 < r_2 & r_1 < r_3),writeRaster(x = r[[1]], filename = file_name[i], format = 'GTiff'),
         ifelse((r_2 < r_1 & r_2 < r_3)
                ,writeRaster(x = r[[2]], filename = file_name[i], format = 'GTiff')
                ,writeRaster(x = r[[3]], filename = file_name[i], format = 'GTiff')))
}

我希望 R 创建 4 个具有最佳层的 tiff 文件，但 R 只创建了第一个文件并给了我这个错误：

rep 中的错误（是，length.out = len）：尝试复制“S4”类型的对象

我该如何解决这个错误？？？谢谢。

【问题讨论】：

标签： r r-raster rgdal

【解决方案1】：

我认为问题可能在于您使用的是矢量化函数 (ifelse)，而您实际上需要普通的旧 if ... else。或者，更好的是i <- which.min(c(r_1, r_2, r_3))，而您根本不需要if：

rv <- sapply(r, function(rj) sum(is.na(as.matrix(rj))))
ind <- which.min(rv)
writeRaster(x = r[[ind]], filename = file_name[i], format = 'GTiff')

解释：在 1..3 中运行 j 的命令后，sapply 返回一个由三个数字组成的向量，rv。然后，which.min 返回该向量中最小值的位置。要使代码更明确一点，请执行以下操作：

count.nas <- function(rj) sum(is.na(as.matrix(rj)))
rv <- sapply(r, count.nas)
ind <- which.min(rv)
writeRaster(x = r[[ind]], filename = file_name[i], format = 'GTiff')

由于我没有minimal reproducible example，所以我没有检查此代码。

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为这是一种更好地了解你所追求的方法

示例数据

library(raster)
f <- system.file("external/rlogo.grd", package="raster")
b <- brick(f)
b[[1]][1:12] <- NA
b[[2]][5:10] <- NA
b[[3]][1:10] <- NA

寻找最佳层的功能

fun <- function(x){
    if (nlayers(x) > 1) {
        cnt <- freq(x, value=NA)
        which.min(cnt)
    } else {
        -1
    }
}

使用功能

fun(b)

然后可能是这样的：

for (i in 1:length(list_files)) {
   b <- brick(list_files[i])   
   j <- fun(b)
   if (j > 0) {
     writeRaster(b[[j]], file_name[i])
   }
}

【讨论】：