运行多个可执行文件的 MPI 通信答案

【问题标题】：MPI communication running multiple executables运行多个可执行文件的 MPI 通信
【发布时间】：2018-03-04 13:24:40
【问题描述】：

我正在实现一个应该运行主从算法的程序，主从作业将由执行参数决定。例如：

mpirun -oversubscribe -tag-output -np 1 BioNetFit2 -a load -c parabolaA_272002678.sconf : -oversubscribe -tag-output -np 4 BioNetFit2 -t particle -p 0 -a run -c parabolaA_272002678.sconf

在这种情况下，master 将运行这部分：./BioNetFit2 -a load -c parabolaA_272002678.sconf

而slave会执行这部分：./BioNetFit2 -t particle -p 0 -a run -c parabolaA_272002678.sconf

这就是我初始化通信世界的方式：

   cout << "Detected BNF2mpi in Pheromones init()" << endl;
    MPI_Init(NULL, NULL);
    // Get the number of processes
    int world_size;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
    cout << "Defined mpi environment" << endl;
    // Get the rank of the process
    int world_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
    cout << "My rank is " << world_rank << "and I have just started." << endl;

我的问题是master发送了一条消息，slave从来没有收到，反之亦然。

所有源代码都在这里：https://github.com/raqueldias/testing_rep 这是一个大程序，是别人在boost-MPI中实现的，我的工作是将分布式消息传递功能从boost-MPI转换为MPI。

我的第一个非常基本的问题是：如果我像这样分两部分运行程序，默认情况下进程是否能够正常通信，或者我必须指定任何不同的配置才能使它们通信？

【问题讨论】：

请在问题中发布发送/接收部分。目前尚不清楚它的原因是什么。放更多代码以便我们检查。
刚刚上传了整个源代码。

标签： c++ mpi

【解决方案1】：

原来这个进程挂起的问题与mpirun执行中多个程序或多个实例的执行无关。

我误解了 MPI_Iprobe 的工作方式。这是我之前实现的方式：

while (1) {
            //std::cout << "rcv loop" << std::endl;
            serializedMessage.resize(1000);
            usleep(10000);
            MPI_Status status;
            int flag = 0;

            while(!flag){
                    MPI_Iprobe(MPI_ANY_SOURCE, MPI_ANY_TAG, MPI_COMM_WORLD, &flag, &status);
            }
if (flag) {
         //receive code here
           }

} ...

这导致进程挂起。使程序工作的正确实现是：

    while (1) {
                //std::cout << "rcv loop" << std::endl;
                serializedMessage.resize(1000);
                usleep(10000);
                MPI_Status status;
                int flag = 0;

                MPI_Iprobe(MPI_ANY_SOURCE, MPI_ANY_TAG, MPI_COMM_WORLD, &flag, &status);

                if (flag==1) {
                  //do something here
    }

}

【讨论】：