readOGR (rgdal) 无法从 XML 中获取多边形名称

Question

我正在尝试使用包rgdal 中的readOGR 函数将英格兰CCG 边界的KML 地图(Available here, 200Kb) 导入R。我的最终目标是通过根据一些相关值对 CCG 进行着色来创建热图。我有一个列表，其中包含一个数据框中 CCG 名称旁边的这些值。我需要将该数据框中的 CCG 名称与导入的地图对象中的 CCG 名称进行匹配，并根据该值分配颜色。但是，我看不到地图对象中导入的任何 CCG 名称，尽管它们存在于 KML 文件中。这就是我正在做的事情：

library(sp)
library(rgdal)
library(maps)
library(maptools)

假设 KML 文件位于工作目录中。 列出层：

ogrListLayers("Clinical_Commissioning_Groups_April_2016_Ultra_Generalised_Clipped_Boundaries_in_England.KML")

阅读OGRGeoJSON层：

ccg_boundaries <- ReadOGR("Clinical_Commissioning_Groups_April_2016_Ultra_Generalised_Clipped_Boundaries_in_England.KML","OGRGeoJSON")

R Studio 显示对象中有两个部分（正确的词？）。

polygons，其中包含每个多边形的数据，例如第一个：

> ccg_boundaries@polygons[1]
[[1]]
An object of class "Polygons"
Slot "Polygons":
[[1]]
An object of class "Polygon"
Slot "labpt":
[1] -2.104671 54.040320
Slot "area":
[1] 0.168067
...

还有data，有两个变量（Name 和Description），我希望它们包含 CCG 名称，但它是空的：

> ccg_boundaries@data
    Name Description
0                   
1                   
2                   
3                   
4                   
5         

但是，CCG 名称存在于 KML 文件中，如果使用 Word 编辑器打开即可看到，例如按字母顺序排列的第一个是“NHS Airedale、Wharfedale 和 Craven”。

<PolyStyle><fill>0</fill></PolyStyle></Style>
    <ExtendedData><SchemaData schemaUrl="#OGRGeoJSON">
        <SimpleData name="objectid">1</SimpleData>
        <SimpleData name="ccg16cd">E38000001</SimpleData>
        <SimpleData name="ccg16nm">NHS Airedale, Wharfedale and Craven CCG</SimpleData>

是否有可能读取 OGR 或其他选项来提取它们并包含在对象中？

Answer 1

好的，如果有人遇到同样的问题，这是我找到的解决方案。

该网站以两种格式提供地图：KML and SHP。我选择了 KML，因为它用于我正在遵循的一个工作示例中。但是这个特定的 KML 文件或它的生成方式似乎存在问题。我改用 Shapefile (SHP) 尝试了这个过程，它就像一个魅力。

Shapefiles可以通过相同的函数读入R，但不需要指定层：

ccg_boundaries <- ReadOGR("Clinical_Commissioning_Groups_April_2016_Ultra_Generalised_Clipped_Boundaries_in_England.SHP")

CCG 名称现在位于 ccg16nm 变量中：

> head(ccg_boundaries@data)
  objectid   ccg16cd                                 ccg16nm st_areasha st_lengths
0        1 E38000001 NHS Airedale, Wharfedale and Craven CCG 1224636590  193149.74
1        2 E38000002                         NHS Ashford CCG  582174805  122841.19
2        3 E38000003                  NHS Aylesbury Vale CCG  984352696  229544.11
3        4 E38000004            NHS Barking and Dagenham CCG   36315011   31196.87
4        5 E38000005                          NHS Barnet CCG   86654018   41833.69
5        6 E38000006                        NHS Barnsley CCG  327520495  106476.52

Answer 2

您的问题是 windows 没有必要的库来从 KML 中提取 ExtendedData。
我在这里提供了一个可行的解决方案：https://stackoverflow.com/a/51657844/2763996

您的问题的解决方案是适用于您的示例 KML 的以下函数：

library(tidyverse)
library(xml2)
library(rgdal)

readKML <- function(file,keep_name_description=FALSE,layer,...) {
  # Set keep_name_description = TRUE to keep "Name" and "Description" columns
  #   in the resulting SpatialPolygonsDataFrame. Only works when there is
  #   ExtendedData in the kml file.

  sp_obj<-readOGR(file,layer,...)
  xml1<-read_xml(file)
  if (!missing(layer)) {
    different_layers <- xml_find_all(xml1, ".//d1:Folder") 
    layer_names <- different_layers %>% 
      xml_find_first(".//d1:name") %>% 
      xml_contents() %>% 
      xml_text()

    selected_layer <- layer_names==layer
    if (!any(selected_layer)) stop("Layer does not exist.")
    xml2 <- different_layers[selected_layer]
  } else {
    xml2 <- xml1
  }

  # extract name and type of variables

  variable_names1 <- 
    xml_find_first(xml2, ".//d1:ExtendedData") %>% 
    xml_children() 

  while(variable_names1 %>% 
        xml_attr("name") %>% 
        is.na() %>% 
        any()&variable_names1 %>%
        xml_children() %>% 
        length>0) variable_names1 <- variable_names1 %>%
    xml_children()

  variable_names <- variable_names1 %>%
    xml_attr("name") %>% 
    unique()

  # return sp_obj if no ExtendedData is present
  if (is.null(variable_names)) return(sp_obj)

  data1 <- xml_find_all(xml2, ".//d1:ExtendedData") %>% 
    xml_children()

  while(data1 %>%
        xml_children() %>% 
        length>0) data1 <- data1 %>%
    xml_children()

  data <- data1 %>% 
    xml_text() %>% 
    matrix(.,ncol=length(variable_names),byrow = TRUE) %>% 
    as.data.frame()

  colnames(data) <- variable_names

  if (keep_name_description) {
    sp_obj@data <- data
  } else {
    try(sp_obj@data <- cbind(sp_obj@data,data),silent=TRUE)
  }
  sp_obj
}