我有一个带有经纬度的数据框，如下所示：
x y set
61 -112
63 -113
61 -113
62 -111 point
61 -111
64 -120
我想找到与set 列中标记为point 的点最近的三个点。然后，对于这三个最接近的点，我想将set 列修改为closest。像这样：
x y set
61 -112 closest
65 -113
62 -113 closest
62 -111 point
62 -111 closest
64 -120
我该怎么做？
【问题讨论】：
dists <- geosphere::distHaversine(dat[dat$set=="point",c("y","x")], dat[,c("y","x")])
dists
# [1] 123339.4 151513.9 153862.4 0.0 111319.5 505814.4
dat$set[dat$set != "point" & rank(dists) < 5] <- "closest"
dat
# x y set
# 1 61 -112 closest
# 2 63 -113 closest
# 3 61 -113
# 4 62 -111 point
# 5 61 -111 closest
# 6 64 -120
我们使用< 5 的原因是自己的距离（point 到point）将是最接近的（0），所以我们需要排名 2-4。这假设有一个"point"；如果还有更多，您可能需要outer（生成matrix 的距离）并在填充$set 之前查看每一行。
我是从sp标签推断纬度和经度，所以选择Haversine距离计算，因为它速度快，而且粗坐标的出现并不表明对亚毫米精度的要求（即Vincenty Ellipsoid公式） .如果需要，还有其他距离计算。
【讨论】：
"point" 点，那么它将是一个矩阵（并且需要更多处理） . (2)rank返回每个值的相对排名；由于此代码将“点”与自身进行比较，其距离为“0”，因此其排名始终为 1；下一个最近的排名为 2，下一个最近的排名为 3，依此类推。它实际上只是对它们进行排名，从最近的 (1) 到最远的（更大的数字）。
这里首先是使用geosphere 的另一种方法（使用distm 制作距离矩阵），然后我将展示如何使用terra::nearby 方法（适用于长/纬度和平面坐标）。
m <- matrix(c(61, -112, 63, -113, 61, -113, 62, -111, 61, -111, 64, -120), ncol=2, byrow=TRUE)
# note that the order should be long/lat !!!
m <- m[, 2:1]
d <- geosphere::distm(m)
diag(d) <- NA
i <- order(d[4,])[1:3]
i
#[1] 5 1 2
m[i,]
# [,1] [,2]
#[1,] -111 61
#[2,] -112 61
#[3,] -113 63
现在使用terra。下面获取所有点的最近 3 个邻居。
library(terra)
v <- vect(m, crs="+proj=lonlat")
nearby(v, k=3)
# id k1 k2 k3
#1 1 3 5 4
#2 2 4 3 1
#3 3 1 5 4
#4 4 5 1 2
#5 5 1 3 4
#6 6 2 3 4
使用 terra 版本 1.3.15（目前是开发版本）您也可以这样做
nearby(v[4,], v, k=4)
# id k1 k2 k3 k4
#[1,] 1 4 5 1 2
以k=4邻居为第一个就是点本身。
要获取开发版本，请执行
install.packages('terra', repos='https://rspatial.r-universe.dev')
【讨论】：