igraph 固定节点坐标布局答案

【问题标题】：igraph fixed node coordinates layoutigraph 固定节点坐标布局
【发布时间】：2012-06-30 12:13:30
【问题描述】：

我发现这个answer 非常有用。它可以帮助我绘制网络/图形并选择图中节点的坐标。

但是，布局将坐标重新调整为 -1 到 1。首先，我试图找出它是如何做到这一点的，但无法做到。它会做这样的事情吗？？

(coordinate - mean(coordinates))/(coordinate + mean(coordinates)

第二有没有办法保持原来的坐标？我想用图表来绘制坐标轴，所以不想让顶部重新调整所有内容。

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

你第一个问题的答案在plot.igraph函数的源码中；在 R 提示符中键入 plot.igraph 以获取完整的源代码。里面有一段写着：

layout <- layout.norm(layout, -1, 1, -1, 1)

layout.norm 是igraph 的另一个功能，它为您创造了奇迹；输入layout.norm 看看它是如何工作的。

现在，第二个问题的答案很简单；只需将rescale=F 传递给plot 的参数，这使得igraph 跳过plot.igraph 中调用layout.norm 的整个分支，因此它将使用您的原始坐标。然后，您可以像往常一样使用xlim 和ylim 来设置X 轴和Y 轴的范围。

【讨论】：

非常感谢您的帮助，现在检查源代码。尽管ylim=c(0,6) 使xlim 范围也变为6，但轴限制似乎是捆绑在一起的。这很烦人，但这是一个飞跃，再次感谢。
@user1320502：设置 asp=FALSE 以避免默认的 1:1 纵横比。
为什么我设置rescale=FALSE时没有任何输出？
谢谢！我用rescale=FALSE实现了这个方法，必须同时设置xlim, ylim，因为默认的xlim and ylim是0,1

【解决方案2】：

  set.seed(111)
  ig <- graph_from_data_frame(as.data.frame(matrix(sample(letters,40,rep=TRUE),nc=2)))
  set.seed(123)
  ig.layout <- layout.fruchterman.reingold(ig)
  rownames(ig.layout) <- V(ig)$name
  par(bg="white",mar=c(0,0,0,0),oma=c(0,0,0,0))
  plot.igraph(ig,layout=ig.layout,vertex.color=adjustcolor("gray",alpha.f=0.5),rescale=FALSE,xlim=c(4,11),ylim=c(4,11))
  set.seed(321)
  ig.sub <- subgraph(ig,sample(V(ig)$name,5))
  plot.igraph(ig.sub,layout=ig.layout[V(ig.sub)$name,],add=TRUE,vertex.color=adjustcolor("orange",alpha.f=0.5),rescale=FALSE)

此代码输出图形，其中橙色节点是稍后添加的。

【讨论】：