igraph R中从根到叶子的有向树图中的所有路径答案

【问题标题】：All paths in directed tree graph from root to leaves in igraph Rigraph R中从根到叶子的有向树图中的所有路径
【发布时间】：2015-10-03 01:44:41
【问题描述】：

给定的是一棵树：

library(igraph)

# setup graph
g= graph.formula(A -+ B,
                 A -+ C,
                 B -+ C,
                 B -+ D,
                 B -+ E
)
plot(g, layout = layout.reingold.tilford(g, root="A"))

顶点"A" 是树的根，而顶点"C", "D", "E" 被视为终端叶子。

问题：

任务是找到根和叶子之间的所有路径。我使用以下代码失败，因为它只提供最短路径：

# find root and leaves
leaves= which(degree(g, v = V(g), mode = "out")==0, useNames = T)
root= which(degree(g, v = V(g), mode = "in")==0, useNames = T)

# find all paths
paths= lapply(root, function(x) get.all.shortest.paths(g, from = x, to = leaves, mode = "out")$res)
named_paths= lapply(unlist(paths, recursive=FALSE), function(x) V(g)[x])
named_paths

输出：

$A1
Vertex sequence:
[1] "A" "C"

$A2
Vertex sequence:
[1] "A" "B" "D"

$A3
Vertex sequence:
[1] "A" "B" "E"

问题：

如何找到包括顶点序列的所有路径："A" "B" "C"？

我的理解是，get.all.shortest.paths() 没有提供缺失的序列"A" "B" "C" 作为通过顶点序列从"A" 到"C" 的路径："A" "C"（在列表元素$A1 中找到） ) 更短。所以igraph 工作正常。 不过，我正在寻找一种代码解决方案，以 R list 的形式获取从根到所有叶子的所有路径。

评论：

我知道对于大型树，涵盖所有组合的算法可能会变得昂贵，但我的实际应用程序相对较小。

【问题讨论】：

试试all_simple_paths。

标签： r igraph

【解决方案1】：

基于 Gabor 的评论：

all_simple_paths(g, from = root, to = leaves)

产量：

[[1]]
+ 3/5 vertices, named:
[1] A B C

[[2]]
+ 3/5 vertices, named:
[1] A B D

[[3]]
+ 3/5 vertices, named:
[1] A B E

[[4]]
+ 2/5 vertices, named:
[1] A C

【讨论】：