【问题标题】：Visualizing distance between nodes according to weights - with R根据权重可视化节点之间的距离 - 使用 R
【发布时间】：2012-03-16 04:05:35
【问题描述】：

我正在尝试绘制一个图，其中顶点之间的距离对应于边权重*，我发现在 graphviz 中有一种方法可以绘制这样的图。有没有办法在 R 中使用 igraph 包（特别是使用 graph.adkacency）来做到这一点？

谢谢，

诺姆

（曾经有人问过：draw a graph where the distance between vertices correspond to the edge weights）

【问题讨论】：

标签： r distance igraph

【解决方案1】：

这是不可能的，因为每个三角形都需要三角形相等才能绘制这样的对象。所以你只能近似它。为此，您可以使用“强制嵌入”算法。 igraph中有几个。我经常使用的是 Fruchterman-Reingold 算法。

查看详情：

library("igraph")
?layout.fruchterman.reingold

编辑：

请注意，节点之间的距离将与绝对边缘权重的倒数有些对应。

【讨论】：

【解决方案2】：

就像 Sacha Epskamp 提到的，除非您的数据是完美的，否则您无法绘制不会违反某些三角不等式的图表。但是，有一些名为 Multidimensional scaling (MDS) 的技术旨在最大限度地减少此类违规行为。

R 中的一个实现是来自stats 包的cmdscale。我推荐?cmdscale底部的例子：

> require(graphics)
> 
> loc <- cmdscale(eurodist)
> x <- loc[,1]
> y <- -loc[,2]
> plot(x, y, type="n", xlab="", ylab="", main="cmdscale(eurodist)")
> text(x, y, rownames(loc), cex=0.8)

当然，您可以使用任何图形包绘制x 和y（您专门询问igraph）。

最后，如果您搜索“多维缩放”或“MDS”，我相信您会发现很多其他实现。祝你好运。

【讨论】：

另请注意，igraph 中有一个名为 layout.mds 的函数，它似乎对全距离矩阵执行 MDS 以获得布局坐标。