【问题标题】:How to set the resolution parameter for Louvain modularity in igraph?如何在 igraph 中设置 Louvain 模块化的分辨率参数?
【发布时间】:2017-08-23 08:34:03
【问题描述】:

在使用函数cluster_louvain 检测igraph for R 中的社区时,有没有办法设置分辨率参数?它对结果有很大的影响,因为这个参数与节点之间的层次差异有关。谢谢。

【问题讨论】:

    标签: r social-networking igraph sna


    【解决方案1】:

    最简单的方法是通过resolution 包,可在此链接https://github.com/analyxcompany/resolution 中找到

    基于本文http://arxiv.org/pdf/0812.1770.pdf

    它几乎有两个函数cluster_resolution()cluster_resolution_RandomOrderFULL()。 在两者中,您都可以说明分辨率t 以及您想要重复多少次rep。而且,您可以在函数中使用 igraph 对象。

    cluster_resolution_RandomOrderFULL(g,t=0.5)
    cluster_resolution_RandomOrderFULL(g,rep=20)
    

    注意/编辑:虽然它不会接受签名网络!我正在尝试联系代码的所有者或自己对其进行定制以使其适合签名网络。

    EDIT2:我能够将函数 community_louvain.m 从 Matlab 的 Brain Connectivity Toolbox 转换为 R。

    这是github linksigned_louvain()

    你几乎可以只为前任。 signed_louvain(g, gamma = 1, mod = 'modularity') 它使用 igraph 或矩阵对象作为输入。如果它有负值,则必须选择mod = 'neg_sym''neg_asym'

    【讨论】:

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