使用 DCMTK 读取 3D Dicom 图像并将其转换为 OpenCV Mat

Question

我有一个 dicom 3D 图像，它是 [512,512,5]（行、列、切片）。我想用 DCMTK 工具包 阅读它并将其转换为 OpenCV Mat 对象。图像是 16 位无符号整数。

我的问题是： 有谁知道将此 dicom 图像转换为 Mat 对象的正确方法？如何使用getOutputData方法正确读取所有切片？

Answer 1

基于@Alan Birtles 的cmets，可以在getOutputData 方法上指定要读取的帧。读取每一帧后，您只需将 Mat 对象合并为一个 Mat。

我写了这段代码来获取整卷：

DicomImage *image = new DicomImage(file);

// Get the information
unsigned int nRows = image->getHeight();
unsigned int nCols = image->getWidth();
unsigned int nImgs = image->getFrameCount();

vector <Mat> slices(nImgs);

// Loop for each slice
for(int k = 0; k<nImgs; k++){

    (Uint16 *) pixelData = (Uint16 *)(image->getOutputData(16 /* bits */,k /* slice */));

    slices[k] = Mat(nRows, nCols, CV_16U, pixelData).clone();

}

Mat img;

// Merge the slices in a single img
merge(slices,img);

cout << img.size() << endl;
cout << img.channels() << endl;

// Output:
// [512 x 512]
// 5